A CLOCK gén hatása a kronotípusra depresszióval interakcióban nagy európai átlagpopulációs mintán GYŐRIK DORKA
Általános orvos, Osztatlan, 8. félév Semmelweis Egyetem
Általános Orvostudományi Kar
Bevezetés: A depresszió hátterében a cirkadián ritmusok diszrupciója és deszinkronizációja központi szerepet játszik. A cirkadián ritmus szabálytalanságainak egyik mutatója a kronotípus, melynek genetikai hátterével kapcsolatban ellentmondásos eredmények születtek, és depresszióval kapcsolatban keveset vizsgálták.
Célkitűzés: Célunk a CLOCK gén egynukleotidos variánsai (SNP) cirkadián fenotípusra gyakorolt hatásának feltérképezése volt összefüggésben a depresszióval illetve koragyermekkori traumákkal európai átlagpopulációs mintán.
Módszertan: Az elemzéseket a megközelítőleg 1800 európai alany adatait tartalmazó NewMood adatbázison végeztük. A kronotípust a Morningness-Eveningness Kérdőív (MEQ) segítségével, az élettartam depressziót validált háttérkérdőívvel, az aktuális depressziót a Zung Önértékelő Depresszió Skálával (ZSDS), a korai traumákat pedig a Gyermekkori Trauma Kérdőív (CTQ) alapján mértük. A CLOCK gén SNP-in minőségellenőrzést végeztünk, majd additív, domináns és recesszív logisztikus és lineáris regressziós, illetve interakciós modelleket futtattunk. Majd az egymással korreláló SNP-kből független clumpokat képeztünk, és a vezető SNP-k hatását vizsgáltuk a függő változóra (MEQ) főhatásként és interakciós modellekben.
Eredmények: A CLOCK gén egyetlen SNP-je esetében sem volt szignifikáns főhatás vagy interakciós hatás az élettartam depresszióval a MEQ-re. Azonban a CLOCK gén kronotípusra gyakorolt hatása aktuális depresszióval (ZSDS) interakcióban szignifikánsnak bizonyult additív (rs12504300, P<0.00001;
rs3749472, P=0.00041; rs6850524, P=0.0007), domináns (rs3749472, P=0.0004; rs1965467, P=0.0006; rs12648271, P=0.0006) és recesszív (rs12504300, P<0.00001) modellekben egyaránt. A CLOCK gén hatása gyermekkori traumákkal (rs12504300, Padd= 0.0315 Pdom= 0.0281; rs12648271, Padd=0.0326, Pdom= 0.0293) interakcióban szintén szignifikáns volt.
Következtetések: A CLOCK gén és a depresszió közti interakció kronotípusra gyakorolt hatását leíró eredményeink részben egybevágnak Shi és mtsai (2020) kutatásával, mely a CLOCK rs6850524 és az alvási szokások összefüggését mutatta ki depressziós betegekben. Továbbá kimutattuk rs12504300 ésrs12648271 depresszióra gyakorolt már ismert hatása mellett a cirkadián ritmussal való összefüggését is. Eredményeink szerint a CLOCK gén kronotípusra gyakorolt hatását az aktuális depresszió és a koragyermekkori traumák befolyásolják.
Témavezető: Dr. Gonda Xenia, egyetemi adjunktus Pszichiátriai és Pszichoterápiás Klinika, SE ÁOK
Az alveoláris makrofágok működését szabályozó EGR2 transzkripciós faktor jelentőségének vizsgálata COPD-ben KEMENES GRÉTA
Általános orvos, Osztatlan, 7. félév Debreceni Egyetem
Általános Orvostudományi Kar
Az alveoláris makrofágok (AM) a tüdőben lévő immunsejtek, melyek a veleszületett immunrendszer komponenseként fontosak a kórokózók elleni védekezésben. Emellett azonban szerepük jelentős egyéb krónikus gyulladással járó állapotokban is. A krónikus obstruktív tüdőbetegség (COPD) a légzésfunkció progresszív romlásával járó, krónikus bronchiolitisszel jellemezhető kórkép. Kialakulására a dohányzás hajlamosít.
Igazolt, hogy a dohányzó, de COPD-ben nem szenvedőkkel összevetve a COPD-s betegek AM-jai alternatív polarizációt mutatnak, melynek szerepe lehet a betegség kialakulásában. Az EGR2 transzkripciós faktor magas kifejeződést mutat a humán és az egér AM-okban, mitöbb kutatócsoportunk bizonyította jelentőségét az alternatív polarizációban.
Munkánk során célul tűztük ki az irodalomban fellelhető humán dohányzó nem COPD-s alanyok, ill. dohányzó COPD-s betegekből származó AM-ok génexpressziós adatainak újraelemzését és az EGR2 kifejeződésének vizsgálatát. Emellett egér EGR2 hiányos AM-ok transzkriptomikai analízisével kívántuk meghatározni a szabályozott útvonalakat, melyek relevánsak a COPD patogenezise szempontjából.
A myeloid specifikus EGR2 génkiütés LizozimM Cre rekombináz rendszert tartalmazó C57/BL6 egérvonal alkalmazásával történt. A tüdő AM-jait bronchoalveoláris mosással izoláltuk, majd CD45 mágneses gyöngy szelekciót követően RNS-szekvenálás történt. A vadtípusú és EGR2 deficiens AM-ok között szignifikánsan változó gének meghatározását StrandNGS programmal végeztük. A kapott gének alapján KEGG útvonal analízissel térképeztük fel az érintett útvonalakat.
Eredményeink alapján az EGR2 traszkripciós faktor szignifikánsan magasabb kifejeződést mutat a COPD-s betegek AM-jaiban a dohányzó kontroll csoporthoz képest. Emellett az egérmodell segítségével azonosítottunk 981 gént, mely szignifikánsan változik az EGR2 hiányában. Ezek közül kiemeltek a gyulladásos mediátor szintézisben résztvevő gének (Aloxe3, Lta4h, Mgst2, Gstm1) a COPD szempontjából.
A vizsgálataink eredményei rávilágítanak, hogy az EGR2 transzkripciós faktor potenciális kóroki jelentőséggel bír a COPD-ben, emellett akár a betegség megelőzésében vagy terápiájában is fontos szerepet tölthet be.
Témavezetők: Dr. Kolostyák Zsuzsanna, PhD hallgató, DE ÁOK Dr. Nagy László, egyetemi tanár, DE ÁOK
Interallélikus interakciók vizsgálata autoszomális recesszív kórképekben
MINYA PATRÍCIA
Általános orvos, Osztatlan, 12. félév Semmelweis Egyetem
Általános Orvostudományi Kar
Bevezetés: A podocint kódoló NPHS2 a szteroid-rezisztens nephrosis szindrómában leggyakrabban érintett gén.
Leggyakoribb misszensz variánsa az R229Q (rs61747728).
Kutatócsoportunk korábban kimutatta, hogy az R229Q csak akkor patogén, ha a másik allélon bizonyos C-terminális régiót érintő variánsokhoz társul. Ezen társulásokban a podocin oligomerizációja és sejten belüli lokalizációja kóros.
Célkitűzés: Célunk az R229Q patogén és benignus társulásainak elkülönítése, illetve más podocin-társulások interallelikus interakciójának, esetleges komplementációjának funkcionális vizsgálata in vivo modellen.
Módszer: Az NPHS2 homológja Caenorhabditis elegans fonálféregben a mec-2, mely hat neuronban fejeződik ki. A vizsgált féregtörzsben sem a mozgáskoordinációért felelős UNC-119 fehérje, sem a mechanoszenzitivitásért felelős MEC-2 fehérje nem fejeződik ki. Ezen kettős mutáns törzsbe génpuska segítségével juttatunk be egy olyan vektort, mely tartalmazza az unc-119 és a mec-2/NPHS2 géneket, és lehetővé teszi ezen DNS szakaszok egy kópiában, megadott lókuszra történő integrációját egy transzpozáz rendszeren keresztül (MosSCI technika). A mozgáskoordináció-menekítés alapján választjuk ki a sikeresen transzformált egyedeket, és a finomérintésre adott reakciójuk alapján értékeljük a MEC-2, illetve a podocin működését.
Eredmények: A humán NPHS2-t, illetve ezzel párhuzamosan kontrollként a mec-2 kanonikus izoforma cDNS-ét (mec-2a) juttattuk be a mec-2 null-mutáns férgekbe, azonban a sikeres integráció és kifejeződés ellenére egyik esetben sem tapasztaltunk finomérintésre adott reakciót. A teljes hosszúságú mec-2 szekvencia bejuttatásával sikerült menekítő hatást elérnünk, így jelenleg egy fúziós fehérje létrehozásán dolgozunk, melynek N-, és C-terminális régiói a MEC-2-t, míg centrális (PHB) doménje a podocin szekvenciáját tartalmazza.
Következtetések: Összegezve, i) sikeresen alkalmaztuk elsőként a mikroinjektorra kifejlesztett MosSCI technikát a génpuska rendszerünkkel, valamint ii) ki tudtuk mutatni, hogy az irodalom alapján kanonikusnak vélt MEC-2A nem képes menekíteni a mec-2 null-mutáns fenotípust; iii) amennyiben finomérintés-deficiencia menekítést érünk el a fúziós konstrukcióval is, a különböző podocin variánsok patogenitása vizsgálhatóvá válik.
MosSCI: Mos1-mediated Single Copy Insertion
Témavezetők: Dr. Tory Kálmán, egyetemi adjunktus, SE ÁOK Dr. Légrádi Regina, Ph.D. hallgató, SE
Amiotrófiás laterálszklerózisban szenvedő magyar betegek átfogó genetikai vizsgálata
NAGY ZSÓFIA FLÓRA
Általános orvos, Osztatlan, 7. félév Szegedi Tudományegyetem Általános Orvostudományi Kar
Bevezetés: Az amiotrófiás laterálszklerózis (ALS) egy neurodegeneratív megbetegedés, mely az alsó- és felső motoneuronokat érinti. Az esetek 5-10%-a családi halmozódást mutat, a többi eset sporadikus. Eddig több mint 120 gén eltéréseit hozták kapcsolatba a betegség kialakulásával. Jelen munkánkban célul tűztük ki az ALS-sel szoros kapcsolatban álló 35 gén vizsgálatát a magyar populációban.
Módszerek: Vizsgálatunkba 107, egymással rokoni kapcsolatban nem álló, sporadikus ALS-ben szenvedő beteg került bevonásra. Vizsgálataink során újgenerációs szekvenálási technikákat és ismétlődéshossz meghatározást alkalmaztunk.
Kontroll csoportként egy 200 főből álló kohort exom szekvenálási eredményeit használtuk. A detektált variánsokat Sanger szekvenálással validáltuk.
Eredmények: Kóroki tartományba eső C9orf72 hexanukleotid repeat expanziót a betegek mintegy 10%-ában tudtunk azonosítani. Újgenerációs szekvenálás alkalmazásával 16, az ALS-sel egyértelműen kapcsolatba hozható génben 31 variánst detektáltunk. A szekvenálási eredmények alapján a következő gének eltérései voltak detektálhatóak a legnagyobb előfordulással: NEK1 (5.6%), NEFH, SQSTM1 (3.7%), KIF5A, SPG11 (2.8%), ALS2, CCNF, FUS, MATR3, TBK1 és UBQLN2 (1.9%). Potenciálisan patogén eltéréseket azonosítottunk továbbá az ERBB4, FIG4, GRN és SIGMAR1 génekben 1-1 betegben.
Eredményeinkkel azonban nem tudtuk alátámasztani az ATXN2 génben található intermedier hosszúságú poliglutamin repeat expanzió ALS-re hajlamosító szerepét.
Megbeszélés: Az újgenerációs technikák és a fragmenthossz analízis technikák kombinációjával a betegek 41%-ban sikerült vélhetően kóroki eltérést azonosítani. Ezen eredményekkel hozzájárulunk az ALS genetikai hátterére irányuló ismereteink bővítéséhez, a betegség populáció specifikus kóroki eltéréseinek feltérképezéséhez.
Támogató: Szegedi Tudós Akadémia program (EMMI, TSZ:34232-3/2016/INTFIN), Nemzeti Agykutatási Program 2.0 (Grant No. 2017-1.2.1.-NKP-207-00002)
Témavezetők: Dr. Széll Márta, egyetemi tanár, SZTE ÁOK Dr. Tripolszki Kornélia, tudományos munkatárs, SZTE ÁOK
A mutációkeresés stratégiájának optimalizálása Marfan-szindrómában
STENGL ROLAND
Általános orvos, Osztatlan, 12. félév RUSKÓ BERNADETT
Általános orvos, Osztatlan, 13. félév Semmelweis Egyetem
Általános Orvostudományi Kar
Bevezetés: A Marfan-szindróma az FBN1 gén mutációja által okozott, autoszómális domináns öröklődésmenetet követő, szisztémás kötőszöveti betegség. A mutáció ismerete segíthet a diagnózis megerősítésében, differenciáldiagnosztikában, családtervezésben és a családtagok célzott genetikai szűrésében.
Utóbbival az érintettek akár a klinikai manifesztációk megjelenése előtt diagnosztizálhatók, így megkezdhető kezelésük és szoros követésük. A genotípus-fenotípus összefüggések megismerése felhasználható lehet az optimális terápia kiválasztásában is.
Célul tűztük ki ezért a Marfan-szindrómás betegek esetében a genetikai variációk magas detektálási arányának eléréséhez szükséges módszerek kiválasztását.
Módszer: Összesen 151, a Gent nozológia kritériumrendszere alapján megerősítetten Marfan-szindrómás pácienst vizsgáltunk.
55 esetben új generációs (NGS)- és Sanger szekvenálást alkalmaztunk az FBN1 gén mutációinak detektálására.
Azonosított mutáció hiányában MLPA módszert használtunk, ismételt negatív eredmény esetén NGS génpanel vizsgálatot végeztünk egyéb, a társbetegségek kapcsán szóba jövő gének bevonásával. A kutatás második szakaszában 96 beteg mintáját génpanellel vizsgáltuk, az ezt követően negatív mintákat MLPA módszerrel elemeztük.
Eredmények: Kutatásunk első szakaszában 36 kóroki mutációt azonosítottunk (életkor: 35±14 év, szisztémás score: 8,5±2). A negatív minták MLPA elemzésekor 1 kópiaszám eltérést (CNV) találtunk, ami az 1-2. exonok deléciójával járt. Ebben a szakaszban génpanel vizsgálattal 1 patogén mutációt azonosítottunk, ami a TGFBR2 gént érintette. A génpanel elsődleges alkalmazásakor 26 patogén és 16 valószínűleg patogén mutációt detektáltunk (életkor: 36±14 év, szisztémás score:
Következtetések: Klinikailag Marfan-szindrómás egyéneknél ajánlott a genetikai vizsgálat elvégzése a fent említett előnyök kihasználására. Továbbá az FBN1 génen kívüli mutációk jelentős aránya alapján az optimális megközelítés első körben génpanel alkalmazása, ami negatív minták esetén MLPA módszerrel kiegészítendő.
Témavezetők: Dr. Benke Kálmán, szívsebész szakorvosjelölt, Semmelweis Egyetem, Városmajori Szív- és Érgyógyászati Klinika
Dr. Bors András, klinikai biokémikus, Dél-pesti Centrumkórház- Országos Hematológiai és Infektológiai Intézet, Molekuláris Genetikai Laboratórium
A Marfan-szindróma súlyos aorta manifesztációinak kockázatát előrejelző genetikai variánsok felderítése teljes genomasszociációs vizsgálattal
RUSKÓ BERNADETT
Általános orvos, Osztatlan, 13. félév STENGL ROLAND
Általános orvos, Osztatlan, 12. félév Semmelweis Egyetem
Általános Orvostudományi Kar
Bevezetés: A Marfan-szindróma (MFS) autoszómális dominánsan öröklődő kötőszöveti betegség, melynek hátterében a fibrillin-1 (FBN1) gén mutációja áll. A betegek életkilátásai szempontjából kiemelt jelentőségű az aorta érintettsége, annak disszekciója vagy tágulata. Az MFS betegeknél az aorta tágulat echocardiográfiás követése, illetve szükség esetén profilaktikus műtét elvégzése javasolt a disszekció megelőzésére. Az egyes betegeknél - az azonos gént érintő mutáció ellenére - különböző szervi manifesztációk és különböző mértékű aorta érintettség alakulhat ki.
Célkitűzés: Célul tűztük ki olyan egy nukleotidot érintő polimorfizmusok (SNP) felderítését, melyek a súlyosabb aorta érintettséghez társulnak.
Módszer: Teljes genom asszociációs vizsgálatunkban (GWAS) 125 MFS beteg, illetve 250 korban és nemben egyeztetett kontroll egyén genomját hasonlítottuk össze bioinformatikai módszerekkel. Az MFS betegek vémintáit a Semmelweis Egyetem Városmajori Szív- és Érgyógyászati Klinika Marfan ambulanciáján gyűjtöttük a genetikai vizsgálathoz. A Marfan-szindrómás pácienseket az aorta érintettség súlyossága alapján csoportokba soroltuk, majd az Axiom Precision Medicine Research Array platformon kapott GWAS eredmények minőség-ellenőrzését követően a PLINK szoftvert alkalmazva az egyes fenotípusokhoz szignifikánsan asszociált SNP-ket kerestünk.
Eredmények: A legerősebb asszociációt mutató 20 SNP között három olyan variánst azonosítottunk, melyek a transzformáló növekedés faktor-ß (TGF-ß) jelátviteli útvonalhoz köthetők, és melyek eltérése számottevően gyakrabban fodult elő azon MFS betegeknél, akiknél megjelent az aorta érintettség, beleértve a súlyos aorta tágulatot, és az életveszélyes aorta disszekciót. Ezen gének a következők voltak: TGIF1 (p=9.756e-06), HLF (p=2.438e-05), illetve a TNC (p=6.299e-05).
Következtetések: Elfogulatlan target keresési megközelítést használva három, a TGF-ß jelátviteli útvonalban részt vevő gén SNP variánsa esetében azonosítottuk szignifikáns asszociációt a súlyos aorta manifesztációkkal. A TGF-ß útvonal aorta érintettség kialakításában játszott központi szerepe alapján, validálást követően ezen variánsok vizsgálata MFS-ban és a társbetegségekben hozzáárulhat a súlyos aorta érintettség előrejelzéséhez, és ezzel az optimális terápia megválasztásához.
Témavezetők: Dr. Ágg Bence, PhD hallgató, SE ÁOK Dr. Szabolcs Zoltán, egyetemi tanár, SE ÁOK
Ösztrogének ovárium sejtekre kifejtett fenotípusos és miRNS expresszióban megmutatkozó hatásának vizsgálata VARGA ALEXANDRA EDIT
Molekuláris biológia, MSc, 3. félév Debreceni Egyetem
Általános Orvostudományi Kar
A petefészekrák a legnagyobb halálozással járó nőgyógyászati rendellenesség. Az ösztrogén molekuláknak való kitettség nagyban növeli a petefészekrák kialakulásának kockázatát. Ide tartoznak az ösztradiol (E2) mellett a zearalenon ( ZEA, mikotoxin), ill. a biszfenol A (BPA, műanyag adalékanyag).
Korábbi eredményeink alapján a miR200 (miR200a, b, c, miR141, miR429) és miR34 (miR34a, b) család tagjai emelkedett expressziót mutattak a petefészekrákban szenvedő betegek vérmintáiban. Célunk ezen miRNSek szerepének felderítése volt az ösztrogén hatás közvetítésében.
Munkánk során a PEO1 (ERα; ERβ) és A2780 (ERβ, negatív kontrol) humán epitéliális ovárium sejtvonalakat alkalmaztunk.
Az E2, ZEA és BPA molekulákkal való kezeléseket DCC-FBS-el kiegészített PRF-RPMI1640 médiumban végeztük. Az ösztrogének fenotípusra (proliferáció, életképesség, migráció), ill.
a miR200 és miR34 család expressziójára gyakorolt hatását vizsgáltuk.
Eredményeink alapján az ösztrogének erős proliferatív hatást gyakoroltak a PEO1 sejtvonalra, ellenben az A2780 sejtvonalnál tapasztaltakkal. Ezzel összhangban az A2780 esetében jobban érvényesült az ösztrogének toxikus hatása, ahol a kezeléseket követően az életképesség szignifikáns csökkenése volt megfigyelhető. A migrációra gyakorolt hatásukat Scrach assay segítségével vizsgáltuk. Az A2780 sejtvonalnál egyedül a BPA kezelés növelte a migrációs képességét, azonban a PEO1 sejtvonalnál az E2 és a ZEA kezelés hatására volt megfigyelhető intenzívebb migráció. A miR200 és miR34 családba tartozó miRNSek expresszióját RT-PCR segítségével vizsgáltuk. A PEO1 sejtvonal esetében markánsabb változások voltak megfigyelhetőek a miRNS expresszióban, amelyek közül a miR200a, c és a miR34a változása volt a legszembetűnőbb. Az A2780 sejtvonalat kisebb mértékű elmozdulás jellemezte, de itt is a miR200a dominanciáját detektáltuk.
Eredményeink megerősítik, hogy az E2, ZEA és BPA molekulák karcinogén hatása elsősorban proliferációt és migrációt indukáló hatásukkal lehet összefüggésben, melyet főleg az ERα közvetíthet. Ezen hatások érvényesülésében a miR200a, c és miR34a molekulák feltételezhetően aktív szerepet töltenek be.
Témavezetők: Dr. Szilágyi-Bónizs Melinda, egyetemi adjunktus, DE ÁOK
Márton Éva, PhD hallgató, DE ÁOK
Karbapenemázt termelő Klebsiella pneumoniae törzsek colistinérzékenységének vizsgálatára használt módszerek összehasonlítása
TŐKÉS NIKOLETT
Általános Orvosi Szak, Osztatlan, 6. félév PÁL ENDRE CSABA
Általános Orvosi Szak, Osztatlan, 6. félév
Marosvásárhelyi Orvosi, Gyógyszerészeti, Tudomány és Technológiai Egyetem
Bevezetés: A colistin a Gram-negatív karbapenem-rezisztens kórokozók által okozott fertőzések kezelésére használt fontos antibiotikum. A colistinnel szembeni érzékenység vizsgálata kihívást jelent. Az EUCAST standard szerint referencia módszerként ajánlott mikrodilúciós eljárás nehezen kivitelezhető a mindennapi tevékenység során, ezért egyszerűbb, könnyebben elvégezhető módszereket alkalmaznak a klinikai laboratóriumokban. Ezek teljesítményét vizsgáltuk a referencia módszerhez viszonyítva.
Módszerek: Retrospektív tanulmányunkban a 2018-as évben a Marosvásárhelyi Megyei Sürgősségi Kórház mikrobiológiai laboratóriumában izolált és tárolt 48 karbapenemázt termelő Klebsiella pneumoniae törzset vizsgáltunk. A colistinnel szembeni érzékenységet mikrodilúciós eljárással határoztuk meg, a standard által előírt 2 mg/L MIC küszöbérték alapján. Vitek2C automatával és E-teszttel mért MIC értékek esetében megállapítottuk az érzékenységi kategória egyezést (categorical agreement - CA), a nagyon nagy hibázási arányt (very major error – VME) és a nagy hibázási arányt (major error – ME).
Eredmények: A mikrodilúciós eljárás alapján 12 törzs bizonyult érzékenynek, 36 pedig rezisztensnek. E-teszttel 25 érzékeny és 23 rezisztens törzset azonosítottunk. Ezek alapján a következő paramétereket határoztuk meg: VME=39%, ME=8%, CA=67%. Vitek2C esetében 19 érzékeny és 29 rezisztens törzset találtunk, ezek szerint a módszer teljesítményét a következő paraméterek jellemzik: VME=22%, ME=8%, CA=81%.
Következtetés: Teljesítményük alapján sem az E-teszt, sem a Vitek 2C módszer nem alkalmas a karbapenemáz termelő Klebsiella pneumoniae törzsek colistin érzékenységének vizsgálatára.
Témavezető: Dr. Székely Edit, egyetemi előadótanár, MOGYETT
Három új picornavírus azonosítása vadon élő és laboratóriumi patkányok (Rattusnorvegicus) bélsár-, és szervmintáiban
ORLOVÁCZ KATALIN
Általános orvos, Osztatlan, 8. félév Pécsi Tudományegyetem
Általános Orvostudományi Kar
Bevezetés: Az emberi élettérrel átfedő elterjedési területtel rendelkező vándorpatkányok (Rattus norvegicus) több ismert és új humán vírus lehetséges rezervoárjai lehetnek. Ilyen úgynevezett zoonotikus vírusok a Picornaviridae családba tartozó cardiovírusok, vagy a nemrég felfedezett rosavírusok.
Vizsgálataink célja szabadon élő és laboratóriumi vándorpatkányok széklet-, illetve különböző szövetmintáiban előforduló, gerincesek RNS-genomú vírusainak, ezen belül is a picornavírusok genom-meghatározása, epidemiológiai, filogenetikai és szekvencia elemzése.
Módszerek: Vizsgálatainkhoz új generációs szekvenálási technikák (virális metagenomika, MiSeq-Illumina) mellett klasszikus RT-PCR alapú módszereket (pl. RT-qPCR, 3’/5’
RACE) és bioinformatikai elemző programokat használtunk.
Eredmények: Egy vadon élő vándorpatkány székletmintájából összesen három új, filogenetikailag egymástól távoli picornavírus, egy Rosavirus (rat08/rRoB/HUN, MN116648), Kobuvirus (rat08/rAiA/HUN, MN116647) és egy Cardiovirus (rat08/rCaB/HUN, MN116646) teljes genomját határoztuk meg.
A vizsgált picornavírusok gyakran, és viszonylagosan magas kópiaszámban (8,99E+02 és 1,29E+06 kópia/ml széklet) voltak kimutathatóak az öt földrajzilag távoli, magyarországi élőhelyről begyűjtött patkány székletmintákban. A VP1 kapszid-szekvencia alapú filogenetikai vizsgálatok mindhárom picornavírus esetében több, főleg hely-specifikus leszármazási vonalakba tartozó vírus-csoportok jelenlétét mutatták ki. A rosavírus és a cardiovírus változó kópiaszámban (6,42E+01 – 1,90E+05 kópia/μg teljes RNS) volt kimutatható egyes lép-, míg a cardiovírus egyes máj-, izom- és vese-mintákban is, ami a vírusok extraintesztinális disszeminációjára utal. Mindkét vírus gyakran volt kimutatható (70% és 18%) két szeparált állatházban tartott laboratóriumi patkány-populáció (Wistar, illetve csuklyás patkány) egyedeinek székletmintáiban is, amely a vírusok endemikus jelenlétére utalnak a vizsgált, laboratóriumi körülmények között tartott kísérleti patkány populációkban.
Következtetés: A három új patkány picornavírus humán klinikai, illetve állategészségügyi jelentősége még nem ismert, azonban a vizsgált vad és laboratóriumi patkány-populációkat érintő magas átfertőzöttség akár zoonotikus terjedési kockázatot is jelenthet.
Témavezetők: Dr. Boros Ákos, klinikai mikrobiológus, PTE ÁOK Dr. Reuter Gábor, egyetemi tanár, PTE ÁOK