Hardy-Weinberg egyensúlytól való eltérés (P H-W ), Wright-féle

A vizsgált húsmarha fajták esetében a Hardy-Weinberg egyensúlytól való eltérés valószínűségi értékeit és a Wright-féle fixációs index (FIS) értékeit

Aberdeen Angus

a 14. táblázatban foglaltam össze. A vizsgált szarvasmarha fajtákban a legtöbb eltérést a charolais fajta esetében tapasztaltam, ahol a 11 miroszatellitből 6 mikroszatellit esetében (ETH10, INRA23, SPS115, TGLA126, ETH3, TGLA53) volt különböző szintű szignifikáns eltérés (P<0,001; P<0,05). A legkisebb eltérést a hereford fajtában detektáltam, ahol 2 esetben tapasztaltam szignifikáns eltérést (INRA23, SPS115). Az INRA23 és az SPS115 mikroszatellitek esetében mind az öt, a TGLA53 mikroszatellitnél 4 vizsgált szarvasmarha fajtában szignifikáns eltérést (P<0,001; P<0,01; P<0,05) tapasztaltam a Hardy-Weinberg egyensúly alapján várható genotípus megoszlástól. Három mikroszatellit esetében (TGLA122, TGLA126, ETH3) 2-2 fajtában tapasztaltam szignifikáns eltéréseket (P<0,001), míg 2-2 mikroszatellit (TGLA227, ETH10) esetében csupán 1-1 fajtában volt kimutatható eltérés (P<0,001).

A Wright-féle fixációs index (F_IS) értékelésénél megfigyeltem, hogy 4 fajtában (aberdeen angus, hereford, limousin, magyar tarka) a 11 vizsgált mikroszatellitre nézve 4 esetben tapasztaltam negatív értéket, így a fajtákban heterozigóta többlet volt megfigyelhető az adott mikroszatellitekre nézve (a valós heterozigóta-gyakoriság nagyobb volt, mint a Hardy-Weinberg egyensúly alapján várnánk). A legtöbb pozitív értéket a charolais húsmarha fajta esetében figyeltem meg, így heterozigóta hiány volt tapasztalható az állományban (a valós heterozigóta-gyakoriság kisebb).

14. táblázat: A vizsgált húsmarha fajtákban mért allélgyakoriságokból számított néhány genetikai mérőszám

Charolis

PH-W: Hardy-Weinberg egyensúlytól való eltérés valószínűségi értékei

* - szignifikáns eltérés (P < 0,05)

** - szignifikáns eltérés (P < 0,01)

*** - szignifikáns eltérés (P < 0,001) ns – nem szignifikáns (P > 0,05)

FIS: Wright-féle fixációs index (Wright, 1978) Aberdeen Angus

5.1.2.4. Nei-féle genetikai távolság mérőszámai és a távolságok dendogrammon való ábrázolása

A vizsgált húsmarha fajták genetikai távolság értékeit és a genetikai kapcsolatokat ábrázoló dendogrammot a 20. ábrán mutatom be. A táblázatban, az átló feletti értékek a genetikai azonosságot, hasonlóságot mutatják, míg az átló alatti értékek a genetikai távolságot. A legnagyobb genetikai távolságot a charolais és a hereford húsmarha fajták között találtam (0,4284), de hasonló érték figyelhető meg a hereford és a limousin fajták esetében is (0,4217). A legkisebb távolság a charolais és a magyar tarka fajtapár között (0,1054) volt megfigyelhető, így a magyar tarka fajta legközelebb a charolais fajtához áll, amit jól láthatunk a távolságokat bemutató dendogrammon is. Genetikailag az aberdeen angus és a limousin fajta is a charolais fajtához áll a legközelebb a vizsgált fajták közül (0,2520; 0,1473).

20. ábra: Nei-féle genetikai azonosság és távolság értékei, s azok ábrázolása dendogrammon (Nei, 1978)

=====================================

pop ID 1 2 3 4 5

=====================================

1 **** 0.7772 0.7004 0.7656 0.7492 2 0.2520 **** 0.6516 0.8630 0.9001 3 0.3561 0.4284 **** 0.6559 0.7050 4 0.2670 0.1473 0.4217 **** 0.8440 5 0.2887 0.1052 0.3495 0.1696 ****

Nei-féle genetikai azonosság - átló felett, és genetikai távolság - átló alatt (Nei, 1978) popID: a vizsgált populációk kódszáma, 1: aberdeen angus, 2: charolais, 3: hereford, 4:

limousin, 5: magyar tarka

Aberdeen Angus

Charolais

Magyar tarka

Limousin

Hereford

5.1.2.5. Fajtapárok közötti fixációs index (FST) és génáramlás (Nm)

A fajtapárok közötti fixációs index (FST) értékeket és a génáramlás értékeit a 15. táblázatban foglaltam össze. A genetikai távolság adatokhoz hasonló képet mutattak a fajtapárok közötti fixációs index adatai. A legkisebb átlagos FST értékek a magyar tarka és a charolais (0,0212), a charolais és a limousin (0,0273), valamint a limousin és a magyar tarka fajták (0,0293) között voltak megfigyelhetőek. Mivel az értékek 0,05-nél alacsonyabbak, ezért a differenciáltságot csekély mértékűnek ítélhetjük, azaz kis mértékű izolációra, fajon belüli fragmentálódásra utalnak. A legnagyobb FST értékeket a limousin és a hereford fajta (0,0716) között detektáltam. Az átlagos génáramlások (átlag Nm) a fajtapárok között 3,2393 és 11,5271 értékek között változtak (15.

táblázat). A lókuszonkénti FST értékeket vizsgálva nagy különbségeket tapasztaltam a vizsgált húsmarha fajtapárok között. A legnagyobb lókuszonkénti F_ST érték a charolais és a hereford fajta között volt megfigyelhető az ETH10 mikroszatellit esetében (0,3084), ahol a génáramlás csekély értéket mutatott (0,5605). A legkisebb lókuszonkénti FST értéket (0,0017) a hereford és a limousin fajtapár között detektáltam az SPS115 mikroszatellit esetében, ahol a génáramlás értéke a legmagasabb volt (Nm = 145,6600).

5.1.2.6. Származásellenőrzés DNS mikroszatellitek segítségével

A vizsgált szarvasmarha fajták DNS mikroszatellit vizsgálata során a beküldött borjak származását sikerült bizonyítanom DNS alapon. A lókuszok nagy számú polimorfizmusa elősegítette a származásellenőrzés pontosságát. Ha az adott fajta genetikailag homogén, a termékenyítésre használt bikák genotípusa hasonló vagy azonos, a hagyományos vércsoport és biokémiai polimorfizmus vizsgálatok alapján a borjak nagy hányadának nem állapítható meg biztonsággal az apai származása. De a DNS lókuszok alkalmazásával a hereford és angus fajtáknál javult a származásellenőrzés hatékonysága, amely áttételesen javítja a tenyészérték becslés megbízhatóságát is, ha az utódok apákra egyértelműen elkülöníthetőek.

A származásellenőrzés pontosságának, hatékonyságának értékeit (PE:

probability of exclusion) a 16. táblázatban foglaltam össze. A PE értékek 0,1174 és 0,8234 között változtak. A kapott PETOTAL értékek közül a hereford

fajta esetében tapasztaltam a legmagasabb értéket, ahol 99,46%-os volt a származásellenőrzés hatékonysága a vizsgált 11 mikroszatellitre nézve. A legalacsonyabb értéket a limousin fajta esetében figyeltem meg, amelynek értéke 97,85% volt.

16. táblázat: A 11 mikroszatellitre számolt PE (probability of exclusion) értékek a vizsgált öt szarvasmarha fajtában

Lókusz

A fajtákban számolt PE érték Aberdeen

Angus Hereford Limousin Charolais Magyar tarka BM1834 0,3637 0,4731 0,4552 0,3294 0,3205 BM2113 0,1576 0,2213 0,2421 0,1670 0,3125

ETH10 0,4236 0,3961 0,4185 0,8234 0,4903

ETH225 0,2473 0,2824 0,3418 0,3983 0,4007 INRA23 0,3546 0,5078 0,2112 0,1516 0,1636 SPS115 0,2360 0,2976 0,3575 0,3793 0,3792 TGLA122 0,4907 0,2355 0,1174 0,2678 0,2841 TGLA126 0,3885 0,4089 0,3360 0,4667 0,3688 TGLA227 0,2443 0,2273 0,1529 0,1351 0,1302

ETH3 0,3963 0,6690 0,3109 0,3541 0,3886

TGLA53 0,1756 0,2449 0,2164 0,1190 0,1248

PE_TOTAL

%

0,9866 98,66%

0,9946 99,46%

0,9785 97,85%

0,9940 99,40%

0,9844 98,44%

PE (probability of exclusion): kizárási valószínűség; a származásellenőrzés hatékonyságának, megbízhatóságának mérőszáma

PETOTAL: kizárási valószínűség a 17 mikroszatellitre nézve

15. táblázat: A húsmarha fajtapárok közötti fixációs index (FST) és génáramlás (Nm = gene flow)

Lókusz Fajtapárok közötti fixációs index és a génáramlás értékei

AA+CH AA+HF AA+LM AA+MT CH+HF Lókusz Fajtapárok közötti fixációs index és a génáramlás értékei

CH+LM CH+MT HF+LM HF+MT LM+MT

AA+CH: aberdeen angus + charolais AA+MT: aberdeen angus + magyar tarka CH+HF: charolais + hereford LM+MT: limousin + magyar tarka AA+HF: aberdeen angus + hereford CH+MT: charolais + magyar tarka HF+LM: hereford + limousin

AA+LM: aberdeen angus + limousin CH+LM: charolais + limousin HF+MT: hereford + magyar tarka

5.2. Kiválasztott populációk genetikai jellemzése, összehasonlítása DNS