Pethes Ildikó SzFi Komplex Folyadékok Osztály Folyadékszerkezet Kutatócsoport
Tartalom
Rendezetlen rendszerek
Vizsgálati módszerek
Kalkogén üvegek
LiCl oldatok
Rendezetlen rendszerek
Kristályos rendszerek Amorf anyagok
Elemi cella periodikus ismétlődése
Rácssíkok távolsága
Bragg-csúcsok
Nincs elemi cella
Csak átlagos távolságokról beszélhetünk
Átlagos szerkezet
0 10 20
0 1
S (Q)
Q [Å-1]
Mikroszkopikus szerkezet leírása: a párkorrelációs függvény
𝑔 𝑟 =
𝜌 𝑟𝜌0
=
𝑛 𝑟4 π𝑟2d𝑟𝜌0
Parciális párkorrelációs függvény:
𝑔
𝑖𝑗𝑟 = 𝑛
𝑖𝑗4π𝑟
2d𝑟𝜌
𝑗Rendezettség amorf anyagokban
Rövid távú rend: Első szomszédok
Száma
Típusa
Átlagos távolsága
Molekulák esetében orientációja
Második szomszédok
Pl. Közös csúcs, közös él
Hálózatok
Vizsgálati módszerek
Kísérleti
Neutrondiffrakció
Röntgendiffrakció
EXAFS (Extended X-ray Absorption Fine Structure)
Raman, NMR, stb.
Szimuláció
Fordított Monte Carlo (RMC)
Molekuláris dinamika (MD)
Monte Carlo, ab initio MD, stb.
Kísérleti technikák
Diffrakció
EXAFS
𝑆 𝑄 = 𝑤
𝑖𝑗X,N𝑄 1 +
4π𝜌𝑄
𝑟 𝑔
0∞ 𝑖𝑗𝑟 − 1 sin 𝑄𝑟 d𝑟
𝑖≤𝑗
𝜒
𝑖𝑘 = 4𝜋𝜌
𝑗 0𝑐
𝑗𝑟
0𝑅 2𝛾
𝑖𝑗(𝑘, 𝑟)𝑔
𝑖𝑗(𝑟)d𝑟
Fordított Monte Carlo
Új konfiguráció (𝑔𝑖𝑗 𝑟 → {𝑆𝑐 𝑄 ,
𝜒𝑐 𝑘 } → ℎ𝑛2 )
Összehasonlítás (𝛼 = ℎ𝑛2 − ℎ𝑜2)
Elfogadás p valószínűséggel, 𝑝 = 1 𝛼 < 0
𝑒−α 𝛼 > 0 Egy atom elmozdítása
Kiinduló konfiguráció
𝑔𝑖𝑗 𝑟 →
𝑆𝑐 𝑄 , 𝜒𝑐 𝑘 → ℎ𝑜2
ℎ𝑜2 = 𝑆𝑙 𝑚𝐶 𝑄𝑙 − 𝑆𝑚𝐸 𝑄𝑙 2 𝜎𝑚2
𝑚
Fordított Monte Carlo
Kényszerek:
Atomok közötti minimális távolság (cutoff )
Koordinációs kényszerek (minden atomra / átlagos)
Szögkényszer
Illeszthető adatok:
S(Q)
χ (k)
g(r)
Korlátok, nehézségek
Többrészecske
kölcsönhatásokat nem vesz figyelembe
Parciális gij(r)-ek száma:
𝑁(𝑁 + 1)/2
Független mérések száma véges
Felbontóképesség:
𝑄 tartomány ⟷ Δ𝑟
Molekuláris dinamika
Klasszikus mozgásegyenlet megoldása kis időlépésekkel
𝑚𝑖 𝜕2𝑟𝑖
𝜕𝑡2 = 𝑭𝑖 , 𝑭𝑖 = − 𝜕𝑉
𝜕𝑟𝑖
𝒓𝑖 𝑡 + ∆𝑡 = 2𝒓𝑖 𝑡 − 𝒓𝑖 𝑡 − ∆𝑡 + 𝑭𝑖 𝑡 ∆𝑡2
𝑚𝑖 + 𝑜 ∆𝑡 4
Effektív párpotenciálokkal (kvantumkémiai számításokból, ab initio MD-ből, kísérletileg mérhető tulajdonságokhoz illesztve)
𝑭𝑖 = − d𝑉𝑖𝑗 𝑟𝑖𝑗
d𝑟𝑖𝑗
𝒓𝑖𝑗
𝑟𝑖𝑗 = −𝑭𝑗
𝑗 , nemkötő kölcsönhatásokra főleg
Az RMC-vel szemben az MD a minimális energiájú elrendeződést találja meg
Nem csak koordináták, hanem dinamika is DE!
Minden a potenciál megfelelőségén múlik
Potenciálok
nemkötő kölcsönhatások
(VNB) Intramolekuláris (kötő) (VB)
Coulomb kcsh.
Pontszerű töltés
Töltés megosztás virtuális részecskékkel
Gauss töltéseloszlás
Van der Waals kcsh.
Lennard-Jones
Buckingham
Morse
2-atomos: Szomszédos atomok között (kötés):
merev –fix távolság
rugalmas - harmonikus potenciál
3-atomos: kötési szög egyensúlyi szög körüli rezgése
pl. harmonikus
4-atomos: Diéderes szög csavarodása
𝑉 = 𝑉𝑖𝑗NB
𝑖<𝑗
+ 𝑉𝑖B
𝑖
Módszerek kombinálása
RMC MD
Több egyformán jól illeszkedő modell
Nem energiaminimum
Lehetnek fizikailag nem
korrekt műtermékek (pl. 3-as gyűrűk)
Egyezés a kísérlettel
Minden a potenciálon múlik
Merev, nem polarizálható,
„olcsó” modellek vagy pl
shell modell (polarizálható), de nagyobb számítási igény
• RMC + g(r)-ek MD-ből
• RMC_POT (hibrid RMC, EPSR, stb) Módszerek kombinálása
Vizsgált rendszerek
Ge-As-Se
(Pethes et al. J.All.Comp. 623, 454 (2015))
Ge-Ga-Se
(Pethes et al. J.All.Comp. 651, 578 (2015))
Ge-Ga-S
(Pethes et al. J.All.Comp. 673, 149 (2016))
Ge-Sb-Se
(Pethes et al. J.Phys.Chem.B 120, 9204 (2016))
Ge-Ga-Sb-Se
(Pethes et al. J.Non-Cryst.Solids 484, 49 (2018))
Ge-Sb-S
Ge-Ga-Sb-S
14-15-16 kalkogén üvegek
Ge-As-Se, Ge-Sb-Se, Ge-Sb-S, …
Mott-szabály: 8-N
Kémiai rend, preferált kötések: Ge-Ch, As-Ch, Sb-Ch kötések
Sztöchiometrikus (kalkogén-egyensúly): 1 − 3𝑐Ge − 2.5𝑐As/Sb = 0
0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0
0.0
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0 0.0
0.2 0.4 0.6 0.8 1.0
Ge
üvegképzõ tartományok Ge-As-Se
Ge-Sb-Se Ge-Sb-S
S/Se
As/Sb
Ch-szegény
Ch-gazdag
sztöchiometrikus összetétel
Kalkogén (Ch)-gazdag: Ch-Ch Kalkogén (Ch)-szegény:
Ge-Ge, Ge-As, Ge-Sb, As- As, Sb-Sb kötések
Ge-Sb-S és Ge-Ga-Sb-S üvegek
Ge20Sb10S70, Ge23Sb12S65, Ge26Sb13S61 (V.Nazabal,J.Ari)
XRD (P07, Petra III, Hamburg) (O.Gutowski,I.Kaban)
ND (7C2, LLB, Saclay) (J.Darpentigny)
EXAFS (P65, PetraIII, Hamburg) Ge, Sb K-élek (E.Welter, P. Jóvári)
Ge22Ga3Sb10S65, Ge15Ga10Sb10S65 (V.Nazabal)
XRD (P07, PetraIII, Hamburg) (J.Bednarcik, P. Jóvári)
ND (7C2, LLB, Saclay) (B. Beuneu)
EXAFS (HASYLAB, Hamburg) Ge, Ga, Sb K-élek (I.Kaban, P. Jóvári)
Szimuláció: RMC
RMC++
25-30 000 atomos szimulációs doboz
0.1 Å felbontás
Különböző cut-off-ok (tiltott és megengedett kötések)
10
7elfogadott lépés
Kísérletek-illeszkedések Ge-Sb-S
0.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5
exp RMC
S (Q)
ND
0 5 10 15 20 25
0.0 0.5 1.0 1.5 2.0
S (Q)
Q [Å-1]
Ge0.26Sb
0.13S
0.61
Ge0.23Sb
0.12S
0.65
Ge0.20Sb
0.10S
0.70
XRD
-7 0 7 14
k3 (k)
Ge K-edge
5 10 15
-3 0 3 6
k3 (k)
k [Å-1]
Sb K-edge
Kísérletek-illeszkedések Ge-Ga-Sb-S
0 1 2
exp RMC
S (Q)
ND
0 5 10 15 20 25
0 1 2
S (Q)
Q [Å-1]
Ge22Ga3Sb10S65 Ge15Ga10Sb10S65
XRD
-5 0 5 10 15
k3 (k)
Ge K-edge
-5 0 5 10
k3 (k)
Ga K-edge
5 10 15
0 5 10
k3 (k)
k [Å-1]
Ge22Ga
3Sb
10S
65
Ge15Ga
10Sb
10S
65
Sb K-edge
Parciális párkorrelációs függvények Ge-Sb-S
0 5 10
g ij(r)
Ge-Ge
Ge-Sb Sb-Sb
2 4 6 8
0 5 10
g(r) ij Ge-S
r [Å]
2 4 6 8
Sb-S
r [Å]
2 4 6 8
Ge0.20Sb
0.10S
0.70
Ge0.23Sb
0.12S
0.65
Ge0.26Sb
0.13S
0.61
S-S
r [Å]
g (r)-ek Ge-Ga-Sb-S
0 4 8
g ij (r)
GeGe GeGa GaGa GeSb
0 4 8
g ij (r)
GaSb SbSb
2 4 6 8
r [Å]
GeS
2 4 6
r [Å]
GaS
2 4 6 8
0 4 8
g ij (r)
r [Å]
SbS
2 4 6 8
SS
r [Å]
Ge22Ga
3Sb
10S
65
Ge15Ga
10Sb
10S
65
Kapcsolódó GeS 4 blokkok
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
0 1 2 3 4 5 6
g GeGe (r)
r [Å]
összes Ge-Ge pár
csúcson osztozó párok (CS) élen osztozó párok (ES) topológiailag távoli
Ge15Ga
10Sb
10S
65
Hosszú Sb-S kötések
Kristályos Sb2S3 (stibnit)
(Bayliss Z.Kristallogr.135,308(1972))
Efthimiopoulos et al. Sci. Rep. 6, 24246 (2016)
• hosszú Sb-S párok (0.3-0.4 Å hosszabb, mint a kovalens kötéstávolság)
• Sb atomok egy részének több, mint 3 szomszédja van
1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0
0 1 2 3 4 5
g SbS (r)
r [Å]
with Sb EXAFS without Sb EXAFS
Ge tartalmú kalkogén üvegek
Preferált kötések: Ge-S, Ga-S, Sb-S
S-gazdagban S-S, S szegényben Ge-Sb is kell
8-N (Mott szabály) Ge, S követi
Ga szomszédainak száma átlagosan 4
Sb atomok egy részének több, mint 3 szomszéd
GeS
4, GaS
4és SbS
xblokkokból felépülő hálózat
Blokkok 1 (CS) vagy 2 (ES) S atomon kapcsolódnak
LiCl oldatok - előzmények
0 2 4 6
hydration number
Li+
5 10 15 20
molality (mol/kg)
Mason2015 Kameda2018 Bopp1985 Mills1986 Tamura1988 Kotbi1998 Degreve2003 Harsányi2005 Chialvo2006 Petit2008 Harsányi2011 Harsányi2012
Cl-
0 5 10 15 20
0 1 2
ion pairing (N LiCl)
molality (mol/kg)
Narten1973 Ohtomo1979 Newsome1980 Cummings1980 Pálinkás1980 Copestake1986 Jal1991 Yamagami1994 Prevel1995 Howell1996 Ansell2000 Winkel2011
Nehézségek
4 komponens
kis parciális súlyok
(láthatatlan parciálisok)
alacsony
koncentráció
MD:
potenciálok
RMC-vel is fentiek
0 5 10 15
0.0 0.2 0.4 0.6 0.8
wX ij (Q)
Q [Å-1] 3.74m
(a) O-O
Cl-O
O-H
0 5 10 15
O-H
Cl-O O-O
Q [Å-1] (b) 8.3m
0 5 10 15
Q [Å-1] Cl-O
O-O 11.37m (c)
0 5 10 15 20
Cl-O O-O (d) 19.55m
Q [Å-1]
Li-Li Li-Cl Li-O Li-H Cl-Cl Cl-O Cl-H O-O O-H H-H
Cl-Cl
LiLi LiCl LiO LiD ClCl ClO ClD OO OD DD
-0.1 0.0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5
(e)
wN ij
3.74m 8.3m 11.37m 19.55m
Molekuláris dinamika szimulációk
Potenciálok: Coulomb + 12-6 Lennard-Jones
𝑉𝑖𝑗NB 𝑟𝑖𝑗 = 1
4πε0
𝑞𝑖𝑞𝑗
𝑟𝑖𝑗 + 4𝜀𝑖𝑗 𝜎𝑖𝑗
𝑟𝑖𝑗 12
− 𝜎𝑖𝑗
𝑟𝑖𝑗 6
Paraméterek ionokra
Víz modellek (SPC/E, TIP4P, TIP4PEw)
Kombinációs szabályok (Lorentz-Berthelot, geometriai)
29 (+) paraméter készlet
4 koncentráció (Harsányi et al. J.Mol.Liq. 165, 94 (2012)) 3.74mol/kg- 19.55mol/kg
GROMACS, NVT (+sűrűséghez NpT), T=300K, 10000 atomos kocka dobozok, periodikus határfeltételek, 2 fs időlépés, 8 ns futások
Vizsgált potenciálok
MD potenciálok összehasonlítása
Sűrűség
Sztatikus dielektromos állandó
Diffúziós állandó (Li
+, Cl
-, H
2O)
Neutron és röntgendiffrakciós struktúra függvények
Pethes J.Mol.Liq. 242, 845 (2017)
Szerkezeti jellemzők (g(r)-ek, koordinációs számok)
Pethes arXiv:1803.08469, beküldve J.Mol.Liq.
MD összehasonlítás I.
Sűrűség Diffúziós állandó: Cl-
0.97 1.08 1.18
0.90 1.00 1.10
[g/cm3 ]
3.74m (a)
1.04 1.15 1.27
0.90 1.00 1.10
[g/cm3 ]
8.30m (b)
1.08 1.20 1.31
0.90 1.00 1.10
[g/cm3 ]
11.37m (c)
Ch DS JJ
JC-S JC-T HS-g HM-g HL-g HS-LB HM-LB HL-LB Gee
RH RM RL
RL-sLB MP-S MP-T DVH RDVH Li-HFE-S Li-HFE-T Li-IOD-S Li-IOD-T AqCh Pl Ar
SDG-S SDG-T
1.16 1.29 1.41
0.90 1.00 1.10/
exp
/exp
/exp
[g/cm3 ]
19.55m
/exp
(d)
0.00 0.64 1.27
0.0 0.5 1.0
D Cl- [10-9 m2 /s]
3.74m (a)
0.00 0.36 0.72
0.0 0.5 1.0
D Cl- [10-9 m2 /s]
8.30m (b)
0.00 0.23 0.46
0.0 0.5 1.0
D Cl- [10-9 m2 /s]
11.37m (c)
Ch DS JJ
JC-S JC-T HS-g HM-g HL-g HS-LB HM-LB HL-LB Gee
RH RM RL
RL-sLB MP-S MP-T DVH RDVH Li-HFE-S Li-HFE-T Li-IOD-S Li-IOD-T AqCh Pl Ar
SDG-S SDG-T
0.00 0.07 0.15
0.00 0.50 1.00
D/Dexp D/Dexp
D/Dexp
D Cl- [10-9 m2 /s]
19.55m
D/Dexp
(d)
MD összehasonlítás II. ND és XRD S(Q)-k
0 20 40
RND [%]
3.74m ND (a)
0 20
40 19.55m ND
RND [%]
0 20 40
3.74m XRD
RXRD [%] (b)
Ch DS JJ
JC-S JC-T HS-g HM-g HL-g HS-LB HM-LB HL-LB Gee
RH RM RL
RL-sLB MP-S MP-T DVH RDVH Li-HFE-S Li-HFE-T Li-IOD-S Li-IOD-T AqCh Pl Ar
SDG-S SDG-T
0 20 40
RXRD [%]
19.55m XRD
0 2 4 6 8 10
0 2 4 6
SN (Q)
JC-T AqCh experimental
3.74m 8.3m 11.37m 19.55m
0 2 4 6 8 10
0 2 4 6
SX (Q)
Q [Å-1]
3.74m 8.3m 11.37m 19.55m
MD összehasonlítás III.
Szerkezet I. kicsapódás
0 10 20
0 10 20 30 40
g ij (r)
r [Å]
RH 8.3m
0 10 20
MP-T 19.55m
r [Å]
Li-Li Li-Cl Cl-Cl
0 10
0 1
0 10
0 1
Szerkezet II: Li
+és Cl
-első koordinációs szférái
0 1 2 3 4
g ClH (r)
19.55m
1 2 3 4
0 1 2 3 4
r [Å]
g ClH (r)
3.74m
ClH
0 5 10 15
g LiO (r)
19.55m
LiO
1 2 3 4
0 5 10
r [Å]
g LiO (r)
3.74m
0 5 10 15 20 25
g LiCl (r)
19.55m
1 2 3 4
0 20 40 60
JC-S MP-S RL-sLB RL RM
r [Å]
g LiCl (r)
3.74m
LiCl
Szerkezet III. vízmolekulák környezete
0.0 0.5 1.0 1.5 2.0
g OH (r)
19.55m
2 4 6
0.0 0.5 1.0 1.5
JC-S MP-S RL-sLB RL RM
r [Å]
g OH (r)
3.74m
OH
0.0 0.5 1.0 1.5
g HH (r)
19.55m
2 4 6
0.0 0.5 1.0
r [Å]
g HH (r)
3.74m
HH
Szerkezet IV. Ionpárok mennyisége, koordinációs számok
N
LiClerősen potenciálfüggő
N
LiO+N
LiCl≈ 4
2N
ClLi+N
ClH≈ 7
2N
OLi+N
OHinter≈ 2
0.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5
1.0 1.5 2.0 2.5 3.0
3.5 RH Gee Pl RM MP-S Ar RL MP-T SDG-S RL-sLB AqCh SDG-T
Ch HS-g Li-HFE-S DS HM-g Li-HFE-T JJ HL-g Li-IOD-S JC-S HS-LB Li-IOD-T JC-T HM-LB DVH HL-LB RDVH
N LiCl 19.55m
NLiCl 3.74m
Szerkezet V. Második szomszédok.
Cl-O és O-O g(r)-ek
1 2 3
g OO (r)
19.55m
OO
2 4 6
0 1 2 3
JC-S MP-S RL-sLB RL RM
r [Å]
g OO (r)
3.74m 0
1 2 3 4
g ClO (r)
19.55m
ClO
2 4 6
0 1 2 3 4
r [Å]
g ClO (r)
3.74m
RMC szimulációk
RMC++
FNC-vel (fix szomszédok kényszer) egybetartott vízmolekulák
Illesztett görbék:
10 g(r) MD futásokból
Intra HH g(r)
SN(Q), SX(Q) (Harsányi et al. J.Mol.Liq. 165, 94 (2012))
10000 atomos doboz (azonosan MD-hez)
Azonos súlyozás, futási paraméterek minden MD modellhez
R-faktorok összehasonlítása: 𝑅= 𝑆
𝐶(𝑄𝑖)−𝑆𝐸 𝑄𝑖 2
𝑖
𝑆𝑖 𝐸(𝑄𝑖) 2
RMC illeszkedések I.
0 2 4 6 8 10
0 2 4 6
SX (Q)
Q [Å-1]
JC-T RMC JC-T MD AqCh RMC AqCh MD experimental
3.74m 8.3m 11.37m 19.55m
RMC illeszkedések II. kritikus g(r)-ek
0 2 4 6 8 10
g ClO (r)
JC-T
ClO
2 4 6
0 2 4 6 8
g ClO (r)
r [Å]
AqCh
0 2 4
6 MD 19.55m RMC 19.55m
MD 11.37m RMC 11.37m MD 8.3m RMC 8.3m MD 3.74m RMC 3.74m
g OO (r)
JC-T
OO
2 4 6
0 2 4
g OO (r)
r [Å]
AqCh
RMC illeszkedések N LiCl függvényében
0 5 10
R XRD[%] XRD
0 10 20
R ClCl[%]
3.74m 11.37m 8.3m 19.55m
ClCl
0 10 20
30 ClO
R ClO[%] JC-S HL-LB JC-T Gee DS
HM-LB Pl MP-S SDG-S Li-HFE-S Ar Li-HFE-T HS-g MP-T HM-g HS-LB RL-LB HL-g Ch AqCh SDG-T RL Li-IOD-S DVH Li-IOD-T JJ
RM RDVH RH
0 10
20 OO
R OO[%]
1 2 3 4
4 6 8 10 12
R-XRD [%]
NLiCl
19.55m
Tömény LiCl oldatok szerkezete Összegzés
Az ionpárok száma a koncentrációval nő, de csak
annyira, hogy kielégítse az ionok koordinációs igényeit
Li
+körül tetraéderesen elhelyezkedő O és Cl
-szomszédok, N
LiO+N
LiCl≈ 4
Cl
-körül alacsonyabb koncentrációkban 7 H, amely 7 különböző vízmolekulához tartozik
A koncentráció növelésével Cl
-körüli 2 H lecserélődik 1 Li
+-ra, 2N
ClLi+N
ClH≈ 7
A vízmolekulák H-kötései egy O-Li
+és/vagy 2 H-Cl
-párra cserélődnek a koncentráció növelésével, úgy, hogy
2N
OLi+N
OHinter≈ 2
Összefoglalás, kitekintés
Amorf anyagok szerkezetvizsgálatának lehetőségei
Kémiai rend Ge-Sb-S és Ge-Ga-Sb-S üvegekben
Tömény LiCl oldatok szerkezete
Folytatás :
Kalkogén üvegek: Te tartalmúak
Ionos oldatok: CsCl, CsF, CsI, …
Más oldószerek (pl. alkoholok), ionok egyéb oldószerekben
7. RMC konferencia Budapest, 2018.09.20-22.
Kapcsolódó publikációk
Üvegek
1. Pethes et al. J. All. Comp. 623, 454 (2015) 2. Pethes et al. J. All. Comp. 651, 578 (2015) 3. Pethes et al. J. All. Comp. 673, 149 (2016)
4. Pethes et al. J. Phys. Chem. B 120, 9204 (2016) 5. Pethes et al. Phys.Scr. 91, 104004 (2016)
6. Pethes et al. J.Non-Cryst.Solids 484, 49 (2018)
előkészületben:
Pethes et al. Atomic level structure of Ge-Sb-S glasses: chemical short range order and long Sb-S bonds
Molekuláris folyadékok
1. Pethes,Pusztai J.Mol.Liq. 212, 111 (2015)
2. Pethes,Pusztai J.Chem.Phys. 146, 064506 (2017) 3. Pethes J.Mol.Liq. 242, 845 (2017)
folyamatban:
Pethes arXiv:1803.08469, beküldve: J.Mol.Liq.-hez
Pethes et al. X-ray diffraction and computer simulation studies of the structure of liquid aliphatic aldehydes: from propanal to nonanal, beküldve: Phys.StatusSolidiB
Pethes et al. Unexpected composition dependence of the first sharp diffraction peak in an alcohol-aldehyde liquid mixture: n-pentanol and pentanal, beküldve: Phys.StatusSolidiB
Bakó,Pethes,Pothoczki,Pusztai arXiv:1803.06660, beküldve: J.Mol.Liq.-hez