Site directed mutagenezis
Horváth Gergő
• A site-directed mutagenezis (sdm) egy olyan molekuláris biológiai technológia melynek során a mutáció a DNS szakasz (általában plazmid ami a fehérjénket kódoló gént tartalmazza) egy előre meghatározott szakaszán történik meg.
• A technológia használatához szükséges a vad típusú gén szekvenciájának ismeretére.
• Jelentősége:
• egy adott fehérje szerkezete módosítható a fehérjét kódoló
szekvencia módosításával.
UDE
- U-DNS specifikus nukleáz
homológjait csak teljes átalakulással fejlődő rovarokban találták meg.
-pl. a Drosophila melanogasterben a bebábozódás előtt fejeződik ki
• Fémfüggetlen nukleáz (!)
2. m. 3. m.
1.A motívum
1.B motívum
1.B motívum
4. motívum
D. mel. ---MIKCHMPSSWRRLRKISRILALTGSRQILTQVLATKGAAMAE-- 41
T. cas. --- A. mel. ---KSTE 4 D. pse. ---MSE-- 3
A. aeg. ---MSK-- 3
A. gam. ---AMAK-- 4
B. mor. MLYKNERSVKLTIGRVDSDNRQKFSDRPIAQYASDFNVEVFIVLCFRTMGKDD 53 D. mel. -GDSKFGFKDMEKALETLKLLESHDMQYRKLTVRGLLGRAKRVLTMTKAEEKLKNINAAIGVFEKWLEEN 110 T. cas. --- A. mel. PEESVMGFKDKQKALDTLKALDGRDISYQYHVIASFVSRAKRTLQITRDEEKLANIREALKVFEDWLANY 74 D. pse. -GESKFGFKDMEKALETLKLLEDHDMQYRKLTVRGLLGRAKRVLTLTKAEEKLKNINEAIGVFEKWLEDN 72 A. aeg. -EESKYGFKDKAKAEESLELLKSEDHKYQVLTVRGLLGRAKRVLTLTKAEEKVKNIKEAIEVFENWIEEN 72 A. gam. -EESKYGFKDKAKAEESLELLKSEDHKYQLLTVRGLIGRAKRVLTLTKAEDKINNIKAAIETFEQWLEAN 73 B. mor. KEDTGFGFKDKAKAEDTLRLLEEHDLNYRRLTVRGLLGRAKRVLSVTKAEEKIKNIKEAMEVFENWLADL 123 D. mel. GGGASSKNAKT-ESEDKVE---TVPGLGFKDKAAAEATLSILAERDPDYQRLAIKGLIGSSKRVLSGT 174 T. cas. ---MSESKPD---TVPGLGFKDKEKALETIKNLEGRDPDYQKLAIKGLIGRAKRTLTLT 53 A. mel. KENNRSKENLAYLPIETIKGFKSLAKNGLGFKDKEKALQTIKLLEGRDLNYQYHAISGLVKRAERVISCT 144 D. pse. GGGASSKNAKT-DNEDKVE---TVPGLGFKDKAAAEATLSILAERDPDYQRLAIKGLIGSSKRVLSGT 136 A. aeg. SN-SSTKNAKPKESEEKVE---TVAGLGFKDKEAAEKTLKILKGRDPDYQKLAIKGLLGSAKRVLPST 136 A. gam. SS-SSTKNAKPKDAEDKVE---TVPGLGFKDKQAAEQTLSILEGRDPDYQKLAIKGLIGSAKRVIPAT 137 B. mor. DK-NKEQKEKP-EKKEKKD---TVPGLGFKDKSAAEGTLKVLDGRDPDYQRLAVKGLIGRAKRVLTCT 186 . ******* * *:. * ** :** *:.**: ::*.:. * D. mel. KNEDKITAIKEGVQVLEDFLEKFEAENRIKDNRAYLPLAVVTKLPD---PKDELAKEFLEAYGGSKA 239 T. cas. KDKEKLQNINDAMAVFDEWLNNFEKNGLTKENRAYLPLNAITALLPLKAQCKIEDSKCDAFYKAY--KGA 121 A. mel. KDEQKLKNIKEAVEVFDNWITDFKVNGRAKMNFDYLSVDLVRSYKPLADKYKIED---NGFLKAY--EEV 210 D. pse. KNEDKINSIKEGVQVLEDFLEKFEAENRIKENRAYLAYAVVSKLPE---PKEDLSVEFLAAYGGSKA 200 A. aeg. KNEDKIKSIKEAMETFEDFLETFDREERSKQNMAYLSLDLIKNLSD---KPSDALAAEFVECY-DKVA 200 A. gam. KNEEKLSSIKQAVALFEDFLDRFDREERGKQNMPYLSIDLIRQLPAPQG--EQSDKLAVEFLACY-ETQA 204 B. mor. RDETKVSNIKEAITVFEKFLDDFESLHLSKENNPYLSLGVVRAAEQ---LAGESKTSFIAAY--SSV 248 ::: *: *::.: ::.:: *. * * **. : * .* . D. mel. KGNYKHLRTMFPKTDEKTSWDIVRNRQLSKLLEQIKSEEAKLFDAET---GAPTDLHLQLIHWAYSPQPD 306 T. cas. NGEYKNLRTVS-SGEDEPTWDIVRNTELKKLLKEIDEKKPDMWK---DDLPTAEHLKLILWAYSPDAS 185 A. mel. DGDYKKLRNVQ-VPDSSITWDIERNKNLQNVVDRVKEQK-KWFETDGEFEDLPTEGHIRCIMWAYSHDAG 278 D. pse. KGNYKHLRTMYPKEDDTTSWDIVRNRQIAKLLEQIKSEEAKLFDSES---GEPTDLHLQLIHWAYTPQPD 267 A. aeg. KGNYKHLRTKFPKDDDSTSWDIVRNKKLLKLKETVKQNGEKLFDSD----GKPTKVHLEMIYWAYSPNVD 266 A. gam. KGNYKHLRTKAPKDPGSKTWDIVRNAKLQALKP---DSSVKLFDQD----GKPTELHLQMVQWAYSPQVE 267 B. mor. NGEYKRLRTVE-ESEGGLTWDIVRNNALKPLKAT-VHAEAKLFNEE----GEPTPEHLELILWAYSPEAA 312 .*:**.**. :*** ** : : : ** *:. : ***: : D. mel. KLKQYIEKLAKKTPEKRKQE----SSSSASDSSATSQDSDGEDKPKRKKKREE 355 T. cas. KIKKSVATFEEKLGSGDSKEDSDEDKSNKRKSGEGASSEESPTKKKKSD---- 234
A. mel. KLKKLLPTLAEKLKS--- 292
D. pse. KVKAYVEKLAKKTPQKRKPE--- 287
A. aeg. KLKAYCTKLEKSSAKKRSHSSS---ESDSESEDEVKDKKKSKK--- 306
A. gam. KLKSYANSLASSGKSTTPSRKRTHSSSSSSEQESKAKESKKDRKKSKK--- 315
B. mor. RLKKCLPEVETEVSRKRRS---SAQEESPAKKKKD--- 344 ::* . .
