RAPD-polimorfizmus vizsgálata kajszibaracknál

Az izoenzim vizsgálatokhoz hasonlóan kajszinál is elsıként Gogorcena és Parfitt (1994) alkalmazták ezt a technikát. Az elsı vizsgálat tulajdonképpen még csak arra szorítkozott, hogy a technika mennyiben alkalmas polimorf fragmentumok létrehozására kajsziban. Az eredmények reprodukálhatósága érdekében tökéletesíteni kellett a reakciókörülményeket, így meg kellett találni a megfelelı DNS-kivonási eljárást, az ideális DNS koncentrációt, amely az egyik kulcskérdésnek bizonyult. A kipróbált 15 primer közül 7 konzisztens és polimorf mintázatot eredményezett, így alkalmasnak bizonyult a kajszigenom jellemzésére. A szerzık azonban óvatosságra intettek a RAPD markerek megbízhatóságát illetıen, hiszen az eredményeket számos faktor befolyásolhatja. A módszert megalapozó vizsgálatokat követıen még ugyanebben az évben Shimada és mts. (1994) 54 japánkajszifajta (P. mume Sieb. Et Zucc) genetikai rokonságát vizsgálták 95 RAPD primerrel. A kapott eredmények alapján a fajtákat hét jól elkülönült csoportba lehetett sorolni, amelyek megfeleltek az eredetüknek. A vizsgálatok emellett megerısítették néhány fajta elızetesen feltételezett származási viszonyait. Ozaki és mts. (1995) ugyancsak japánkajszi fajtáknál alkalmaztak RAPD markereket a származási viszonyok tisztázására és a szülık

azonosítására. A polimorf DNS-fragmentumok egyértelmően azonosították a szülıket, illetve majdnem az összes hasadást mutatott az F2 utódnemzedékben. Southern blot vizsgálattal sikerült igazolni, hogy a szülıspecifikus fragmentumok átörökítıdtek az utódnemzedékbe, ezáltal a morfológiailag azonos utódok elkülöníthetık voltak egymástól. Késıbb Takeda és mts. (1998) harminchárom kajszi és két rokon faj (P.

sibirica L., P. brigantina Vill.) kapcsolatát vizsgálták. Elsı körben 225 primert tesztelt le öt fajtán, melybıl mindösszesen 18 adott kellıen polimorf mintázatot. A kiválasztott primerekkel két fı csoportba sikerült sorolni a fajtákat: egy kínai eredető (Kelet-Kína és Japán) valamint egy nyugati eredető (Európa, Közép-Ázsia és Nyugat Kína) fajtakörre.

Zhebentyayeva és Sivolap (2000) az addig megjelent egyik legátfogóbb vizsgálatot tették közzé. Kísérletükben RAPD és izoenzim polimorfizmust vizsgáltak a kajszi genetikai diverzitásának felmérése céljából. A nyolcvannégy jellemzett fajta az európai, iráni-kaukázusi, kínai, közép-ázsiai fajtakörbıl került ki, valamint néhány hibrid, illetve vad típust is bevontak. A különbözı eredető, és ezen belül a géncentrumokból származó fajták vizsgálatával megállapították, hogy a termesztett kajszi a vad P. armenicaból alakult ki. Ugyanakkor a kajszihoz közel álló, elsıdlegesen a kínai centrumban található fajok is szerepet játszhattak a faj háziasításában. Azt is megállapították, hogy az európai fajták genetikai diverzitása kicsi.

Az ezredforduló elejétıl a kajszinál a többi Prunus fajhoz hasonlóan a RAPD markereket egyre inkább felváltották a mikroszatellit markerek, illetve párhuzamos vizsgálatokkal tették az eredményeket megbízhatóbbá. A RAPD markerek sem tőntek el teljesen, továbbra is használták kis egyedszámú csoportok azonosítására, illetve egyéb speciális célokra.

Hormaza (2001) ötven különbözı eredető kajszifajtát elemzett RAPD és SSR markerekkel. A vizsgálatot kiegészítette olyan spanyol fajták tesztelésével, amelyek pomológiai jellemzık alapján nagyon közel álltak egymáshoz. A két markerezési technika kombinációja lehetıvé tette a valóban különbözı genotípusok azonosítását és a szinonim fajták kiemelését. Hurtado és mts. (2001) tizennyolc, Spanyolországban termesztett kajszifajtát jellemeztek RAPD markerekkel. Negyven dekamer primert próbáltak ki, melybıl huszonkettı 45 könnyen reprodukálható, markerként használható fragmentumot eredményezett. A 18 fajta mindegyike megkülönböztethetı volt ezzel a néhány primerrel. UPGMA klaszter analízissel a fajtákat 5 csoportra lehetett osztani.

Megállapították, hogy a RAPD markerek eszközei lehetnek a genetikai diverzitás jellemzésének, a genotípusok közti hasonlóság kimutatásának, új genotípusok azonosításának, ezáltal értékesek a kajszi nemesítésében. A módszer emellett alkalmas kereskedelmi tételek azonosítására rutinszerő, olcsó és gyors eljárással. Jun és mts.

(2002b) RAPD markereket használt 31 különféle Prunus taxon genetikai kapcsolatának elemzésére. A kipróbált több mint háromszáz primer közül 30 eredményezett fajspecifikus markereket a Prunus fajok többségénel. Érdekes, hogy P. salicina fajnál és az interspecifikus Plumcot hibridnél nem találtak specifikus RAPD markereket. A 31 Prunus taxont három nagy csoportra lehetett osztani a markerekkel, amely összhangban van az érvényben lévı osztályozási rendszerrel. Mariniello és mts. (2002) RAPD markerekkel azonosított 19 olasz, görög és észak-amerikai fajtát. Meghatározta az amplifikált régiók pontos szekvenciáját, és ennek alapján SCAR markereket tervezett.

Pedryc és mts. (2002) Magyaroszágon termesztett tizennégy fı fajtát, valamint további három világfajtát jellemzett RAPD markerekkel. A kipróbált hatvan primer közül 45 esetben sikerült jól detektálható fragmentumokat elérni. A kapott fragmentumok többsége uniformnak bizonyult, azonban nyolc polimorf mintázatot mutatott. Az eltérı fragmentumokat felhasználva sikerült két fajtapár kivételével az összes fajtáról egyedi DNS ujjlenyomatot készíteni. Mivel az egyik esetben két klónról, míg a másik esetben gyaníthatóan ugyanarról a fajtáról volt szó, a vizsgálat tulajdonképpen megerısítette azt az elızetes feltételezést, hogy a két fajtapár genetikai háttere azonos. A vizsgálatot azonos növényanyagon a késıbbiekben mikroszatellit markerek használatával Ruthner és mts. (2003) megerısítették. Baránek és mts. (2006) 15 genotípust vizsgált a Prunus nemzetségbıl RAPD és SSR markerekkel. Összehasonlították a mikroszatellit és RAPD markerek által produkált polimorfizmust, és kapcsolatukat a klasszikus morfológiai alapokon nyugvó fajtaleírással. Érdekes módon a RAPD által elért eredmény jobban igazolta az elméleti várakozásokat, amely irányadó lehet a késıbbi vizsgálatokhoz.