5. indentifikáció
5.6 Ellenőrző kérdések
Mit jelent az identifikálás (identifikáció)?
Mit jelent a klasszifikáció?
Hogyan tudná definiálni a fajt?
Miért nehéz fajfogalmat meghatározni a prokarióták vagy a Fungi Imperfecti csoportokban?
Milyen szinteken lehet identifikálni élesztőgombákat?
Milyen bélyegeket vizsgálunk morfológiai szinten?
Milyen bélyegeket vizsgálunk élettani szinten?
Mit jelent a vizsgálatok között az erjesztési teszt?
Mit jelent a vizsgálatok között az asszimilációs teszt?
Mit jelent a prototrófia?
Mit jelent az auxotrófia?
Milyen bélyegek alapján tudja elkülöníteni az aszkomiceta és bazidiomiceta élesztőket?
Milyen tulajdonságokat vizsgálnak az élesztők egyszerű identifikációs rendszerében?
Soroljon föl az élesztők identifikációjában használt biokémiai teszteket!
Borászati szempontból milyen fontos tulajdonságokra tartaná célszerűnek megvizsgálni a saját élesztő izolátumait?
A nukleinsav és fehérjevizsgálatokban mire szolgál az elektroforézis?
Elektroforetikus kariotipizálás módszerével (pl. PFGE) milyen vizsgálatokat tudunk elvégezni az élesztőgombákon?
Mik a CLP-k, milyen változások alakítják ki, és milyen módszerrel vizsgálhatók?
Milyen reakciókat katalizálnak a molekuláris biológiában használt restrikciós endonukleáz enzimek?
Milyen nukleinsav-végeket alakíthatnak ki a restrikciós endonukleázok?
Ismertesse a Southern-hibridizáció lépéseit!
Milyen módszer az RFLP?
Mi a különbség a Southern és a Northern-hibridizáció között?
Mutassa be a PCR lépéseit és történéseit!
Milyen jellemzői vannak a RAPD-PCR módszernek?
DNS alapú élesztőidentifikáció során milyen módszereket használna?
DNS alapú élesztőidentifikáció során milyen DNS szakasz (gén) vizsgálatát végezné el?
Mit jelent a ribotipizálás (pl. ITS-RFLP, IGS-RFLP)?
Melyik módszert tartja célravezetőbbnek az élesztők identifikációjában: a ribotipizálást, vagy a PCR amplikon szekvenálását?
Az mtDNS miért lehet jó markerforrás?
Mit jelent a génklónozás?
Milyen vektorokat ismer, és azok mire szolgálnak?
Mutassa be a génexpresszióhoz szükséges „génmanipuláció” vázlatos lépéseit!
Mit jelent a transzgénikus (növény, gomba, állat stb.) kifejezés?
Mire használjuk az NCBI oldalt?
Mit jelent a fehérjék izoelektromos fókuszálása?
Mutassa be a 2D akrilamid gélelektroforézis módszerét!
Mit nevezünk izoenzimnek?
C. Osztályozást jelent, amikor a taxonokat 1-5 csoportba soroljuk be.
D. Élő szervezetek beosztása különböző szintű, egymásra épülő rendszertani egységekbe, tulajdonságaik általános hasonlósága, különbözősége alapján
2. Mit jelent az identifikáció?
A. Eljárás, amellyel egy ismeretlen izolátumot (törzset, tenyészetet) valamely korábban már leírt fajjal azonosítunk.
B. Az élőlények olyan csoportját jelenti, melynek egyedei képesek szaporodni egymással, és termékeny utódokat létrehozni.
C. Osztályozást jelent, amikor a taxonokat 1-5 csoportba soroljuk be.
D. Élő szervezetek beosztása különböző szintű, egymásra épülő rendszertani egységekbe, tulajdonságaik általános hasonlósága, különbözősége alapján
3. Mit jelent a reproduktív fajfogalom?
A. Egy populációt vagy populációcsoportot fajnak nevezünk, ha az morfológiailag eltér más populációktól.
B. Két (különböző nemű, párosodási típusú) élőlény akkor tartozik egy fajba, ha természetes körülmények között képesek termékeny utódot létrehozni.
C. A populációk vagy egyedek DNS-ének hasonlóságán alapul.
D. Olyan fenotípusos tulajdonságok együttese különbözteti meg más fajoktól, amelyek összessége csak adott fajra jellemző.
4. Milyen szinten történhet az élesztők faji szintű identifikációja?
A. Alaktani, élettani, biokémiai, nukleinsav és fehérje szint.
B. Borászati, szövettani, biokémiai, nukleinsav és fehérje szint.
C. Szövettani, alaktani, élettani, biokémiai, nukleinsav és fehérje szint.
D. Szervtani, élettani, biokémiai, nukleinsav és fehérje szint.
5. Mit jelent az élesztők asszimilációjának vizsgálata?
A. Az asszimiláción egy vegyület aerob hasznosítási képességét értjük. Laboratóriumban azt vizsgáljuk, hogy egy élesztő adott szubsztrátumon (adott cukorforrás) aerob körülmények között szaporodni képes-e vagy sem.
B. Azt jelenti, hogy anaerob, vagy minimális oxigéntartalmú közegben képes-e az élesztő az adott szénforrást hasznosítani. A gyakorlatban az asszimiláció kimutatása az alkoholtermeléssel együtt járó szén-dioxid kimutatásán (gázképzés) alapszik.
C. Azt a vizsgálatsorozatot jelenti, amikor meghatározzuk, hogy az élesztő gyorsan, lassan vagy nem képes az adott szénforrást asszimilálni.
D. Azt jelenti, hogy az élesztők milyen fehérjeforrások hasznosítására képesek.
6. Mit jelent az élesztők fermentációjának a vizsgálata?
A. A fermentáción egy vegyület aerob hasznosítási képességét értjük. Laboratóriumban azt vizsgáljuk, hogy egy élesztő adott szubsztrátumon (adott cukorforrás) aerob körülmények között szaporodni képes-e vagy sem.
B. Azt jelenti, hogy anaerob, vagy minimális oxigéntartalmú közegben képes-e az élesztő az adott szénforrást hasznosítani. A gyakorlatban az erjedés kimutatása az alkoholtermeléssel együtt járó szén-dioxid kimutatásán (gázképzés) alapszik.
C. Azt a vizsgálatsorozatot jelenti, amikor meghatározzuk, hogy az élesztő gyorsan, lassan vagy nem képes az adott szénforrást fermentálni.
D. Azt jelenti, hogy az élesztők milyen fehérjeforrások hasznosítására képesek.
7. Melyek a legfontosabb jellemzői a borászati startereknek?
A. Etanoltűrés, kénessavtűrés, epesav-tűrés, íz- és aromaanyag-képzés.
B. Hőmérséklettűrés, habképzés mértéke, inulin- és keményítőbontás, killer képesség, ülepedés típusa.
C. Szaporodási sebesség, fungicidtűrés, eritrithasznosítás, cikloheximidtűrés, íz- és aromaanyag-képzés
D. Etanoltűrés, kénessavtűrés, ozmotikumtűrés, íz- és aromaanyag-képzés.
8. Milyen biokémiai vizsgáló módszereket ismer?
A. Sarjadzás típusa, ubikinon, diazóniumkék B teszt, sejtfalösszetétel.
B. Endospóraképzés módja, ubikinon, diazóniumkék B teszt.
C. Ubikinon, diazóniumkék B teszt, sejtfal-összetétel.
D. Mannit-asszimiláció, eritrit-asszimiláció, cikloheximid-tűrés, urea-hidrolízis.
9. Mire szolgál a gélelektroforézis?
A. A töltéssel nem rendelkező molekulák elválasztására elektromos erőtérben.
B. Lipidek elválasztására.
C. Poliakrilamid-gélben végrehajtott gélszűrésre a töltéstől és molekulamérettől függetlenül.
D. A töltéssel rendelkező molekulák elválasztására elektromos erőtérben.
10. Mire alkalmas az elektroforetikus kariotipizálás?
A. Nagyméretű (akár kromoszómális méretű) DNS molekulák szeparálására.
B. Kisméretű DNS molekulák elválasztására.
C. Nagyméretű (akár riboszómális méretű) fehérjék szeparálására.
D. Kisméretű fehérjék elválasztására.
11. Milyen enzimek a restrikciós endonukleázok?
A. A DNS-t szekvenciaspecifikusság nélkül hasító enzimek.
B. Az RNS-t szekvenciaspecifikusan hasító enzimek.
C. A DNS molekulát meghatározott helyeken, szekvenciaspecifikusan elhasító enzimek.
D. A fehérjéket meghatározott aminosav-szekvenciánál hasító, korlátozott működésű enzimek.
12. Mire szolgál a Southern-blot technika?
A. Fehérjevizsgálatra.
B. DNS-vizsgálatra.
C. RNS-vizsgálatra.
D. Lipidvizsgálatra.
13. Mire szolgál a Northern-blot technika?
A. Fehérjevizsgálatra.
B. DNS-vizsgálatra.
C. RNS-vizsgálatra.
D. Lipidvizsgálatra.
14. Mire szolgál a Western-blot (immunoblot) technika?
A. Fehérjevizsgálatra.
B. DNS-vizsgálatra.
C. RNS-vizsgálatra.
D. Lipidvizsgálatra.
15. Milyen fontosabb lépései vannak a Southern-blot-nak (figyeljen a helyes sorrendre)?
A. DNS gélelektroforézis, blottolás filterre, hasítás restrikciós enzimmel, jelzett próbával hibridizáltatás, előhívás
B. DNS-hasítás restrikciós enzimmel, gélelektroforézis, blottolás filterre, jelzett próbával hibridizáltatás, előhívás.
C. RNS-hasítás restrikciós enzimmel, gélelektroforézis, blottolás filterre, előhívás, jelzett próbával hibridizáltatás.
D. RNS-hasítás restrikciós enzimmel, gélelektroforézis, blottolás filterre, jelzett próbával hibridizáltatás, előhívás.
16. Milyen mechanizmusok alakítják ki a CLP-kat?
A. PFGE, CHEF, RFLP
B. Kromoszóma mutációk (deléciók, addíciók, inszerció transzlokációk stb.) transzpozonok, mitotikus és meiotikus osztódások során fellépő változások, minikromoszómák, stb.
C. izoenzimek, restrikciós endonukleázok, RAPD D. ITS-RFLP, PFGE, CHEF.
17. Mit jelent a PCR?
A. Polimeráz katabolit represszió.
B. Polikromatográfiás reakció.
C. Polikromatofil reakció.
D. Polimeráz láncreakció.
18. Milyen lépési vannak egy PCR ciklusnak (Figyeljen a sorrendre!)?
A. Denaturálás, primerföltapadás (anelláció), extenzió.
B. Primerföltapadás (anelláció), denaturálás, extenzió.
C. Extenzió, primerföltapadás (anelláció), denaturálás.
D. Denaturáció, extenzió, primerföltapadás (anelláció).
19. Melyek igazak a RAPD-PCR módszerre?
A. 10 nukleotid hosszú (ún. random) primert használunk, nem kell ismernünk azokat a DNS szakaszokat, lokuszokat, amelyeknek a polimorfizmusát vizsgáljuk, mintázata kevésbé jól reprodukálható.
B. 20 nukleotid hosszú specifikus primert használunk, ismernünk kell azokat a DNS szakaszokat, lokuszokat, amelyeknek a polimorfizmusát vizsgáljuk, mintázata jól reprodukálható.
C. 25 nukleotid hosszú primert használunk, nem kell ismernünk azokat a DNS szakaszokat, lokuszokat, amelyeknek a polimorfizmusát vizsgáljuk, mintázata kevésbé jól reprodukálható.
D. 25 nukleotid hosszú (ún. random) primert használunk, nem kell ismernünk azokat a DNS szakaszokat, lokuszokat, amelyeknek a polimorfizmusát vizsgáljuk, mintázata kevésbé jól reprodukálható.
20. Mit jelent a ribotipizálás (PCR-RFLP) (Figyeljen a sorrendre!)?
A. Riboszómális DNS meghatározott régióját PCR módszerrel amplifikáljuk, a PCR terméket (amplikon) restrikciós endonukleázzal hasítjuk, majd gélelektroforézissel vizsgáljuk a kapott fragmenteket (száma, mérete stb.).
B. Riboszómális DNS meghatározott régióját PCR módszerrel amplifikáljuk, a PCR terméket (amplikon) restrikciós endonukleázzal hasítjuk, majd gélelektroforézissel vizsgáljuk a szekvenciáját.
C. Riboszómális DNS meghatározott régióját PCR módszerrel amplifikáljuk, a PCR terméket szekvenáljuk és internetes adatbázisban (NCBI) rákeresünk a szekvenciára és megkapjuk, hogy milyen fajról van szó.
D. Riboszómális DNS meghatározott régióját PCR módszerrel amplifikáljuk, a PCR terméket gélelektroforézissel elválasztjuk.
21. Saját élesztőizolátumát hogyan identifikálná szekvenálással (Figyeljen a sorrendre!)?
A. Riboszómális DNS meghatározott régióját PCR módszerrel amplifikáljuk, a PCR terméket (amplikon) restrikciós endonukleázzal hasítjuk, majd gélelektroforézissel vizsgáljuk a kapott fragmenteket (száma, mérete stb.).
B. Riboszómális DNS meghatározott régióját PCR módszerrel amplifikáljuk, a PCR terméket (amplikon) restrikciós endonukleázzal hasítjuk, majd gélelektroforézissel vizsgáljuk a szekvenciáját.
C. Riboszómális DNS meghatározott régióját PCR módszerrel amplifikáljuk, a PCR terméket szekvenáljuk és internetes adatbázisban (NCBI) rákeresünk erre a szekvenciára (BLAST) és megkapjuk, hogy milyen fajba tartozik az izolátumunk.
D. Riboszómális DNS meghatározott régióját PCR módszerrel amplifikáljuk, a PCR terméket gélelektroforézissel elválasztjuk.
22. Mit jelent az izoelektromos pont (IEP)?
A. Az a pH érték, ahol a fehérjék kifelé mutatott nettó töltése negatív (azaz az anód felé vándorol gélelektroforézis során).
B. Az a pH érték, ahol a fehérjék kifelé mutatott nettó töltése pozitív (azaz az katód felé vándorol gélelektroforézis során).
C. Minden fehérjére ugyanazon IEP érték jellemző, ami annál a pH értéknél van, ahol a fehérjék kifelé mutatott nettó töltése nulla (azaz elektroforetikus mobilitásuk is nulla).
D. Az a pH érték, ahol a fehérjék kifelé mutatott nettó töltése nulla (azaz elektroforetikus mobilitásuk is nulla).
23. Definiálja az izoenzim fogalmát!
A. Különböző biokémiai reakciókat katalizáló, de fizikai, kémiai tulajdonságaiban azonos enzimeket izoenzimeknek, röviden izozimeknek nevezzük.
B. Az azonos biokémiai reakciókat katalizáló, de fizikai, kémiai tulajdonságaiban eltérő enzimeket izoenzimeknek, röviden izozimeknek nevezzük.
C. Különböző reakciót katalizáló enzimek allélikus variánsai.
D. Amikor az aminosavsorrend, aminosav-összetétel változása hatással van a fehérje töltésviszonyaira és konformációjára, egyúttal elektroforetikus mobilitására is.
24. Ismertesse a Western-blot lépéseit!
A. Fehérjék denaturáló gélelektroforézise, kezelés antitesttel, blottolás filterre, előhívás.
B. Fehérjék denaturáló gélelektroforézise, blottolás filterre, kezelés antitesttel, előhívás.
C. Fehérjék denaturáló gélelektroforézise, blottolás filterre, előhívás, kezelés antitesttel.
D. DNS-hasítás restrikciós enzimmel, gélelektroforézis, blottolás filterre, jelzett próbával hibridizáltatás, előhívás.
25. Mire szolgála az ELISA módszer?
A. Az ELISA módszerrel adott antigént (pl. fehérje, mikotoxin stb.) keresünk, ami ellen már rendelkezünk izolált antitesttel (ellenanyaggal). Az enzimreakció eredményeként színes termék keletkezik, amelynek abszorbanciáját mérjük, így a módszer kvantitatívvá tehető.
B. Az ELISA lényege, hogy a fehérjék részben izoelektromos pontjuk, részben molekulatömegük alapján különülnek el egymástól.
C. Az ELISA lényege, hogy adott fehérje aminosav sorrendjét határozzák meg.
D. Az ELISA lipidek és nukleinsavak enzimes mennyiségi meghatározását teszi lehetővé. Az enzimreakció eredményeként színes termék keletkezik, amelynek abszorbanciáját mérjük, így a módszer kvantitatívvá tehető.
26. Mit jelent a génklónozás?
A. RNS (vagy az mRNS) sejtbe juttatását, genomba épülését és az utódoknak történő átadását jelenti.
B. Fehérje sejtbe juttatását, genomba épülését és az utódoknak történő átadását jelenti.
C. Genetikailag azonos szervezetek tömege, melyek ugyanattól a közös őstől származnak ivartalan úton.
D. DNS (vagy a gén) sejtbe juttatását, genomba épülését és az utódoknak történő átadását jelenti (Gének, génszakaszok nagy mennyiségben és tiszta formában történő előállítása.)
5.8 FELHASZNÁLT IRODALOM
ARTHUR R., HERR F., STRAUSS N., ANDERSON J., HORGEN P.A. (1982):
Characterization of the genome of the cultivated mushroom Agaricus brunnescens. Exp. Mycol.
7:127-132.
BÁLINT M. (2000): Molekuláris biológia I., Műszaki Könyvkiadó, Budapest.
BÁLINT M. (2002): Molekuláris biológia III., Nemzeti Tankönyvkiadó Rt., Budapest.
CHALLEN M.P., GREGORY K.E., SCREENIVASAPRASAD S., ROGERS C.C., CUTLER S.B. (2000): Transformation technologies for mushrooms, In. Science and Cultivation of Edible Fungi, Van Griensven (ed.), 2000 Balkema, Rotterdam.
DÉVÉNYI T., GERGELY J. (1971): Aminosavak, peptidek, fehérjék, Medicina Kiadó, Budapest.
DOMBRÁDI V. (2005): Molekuláris biológiai módszerek (Egyetemi jegyzet), DE-OEC, Debrecen.
ELŐDI P. (1983): Biokémia, Akadémiai Kiadó, Budapest.
ERDEI ANNA (2006): Immunológiai módszerek, Medicina Kiadó, Budapest.
ÉRSEK T., GÁBORJÁNYI R. (1998): Növénykórokozó mikroorganizmusok, ELTE Eötvös Kiadó, Budapest.
GEOSEL A., HALÁSZ K., SZARVAS J. (2007): A csiperke vírusos betegségei, Zöldségtermesztés, XXXVIII. Évf. 3. szám, pp. 13-15.
GEÖSEL A., HALASZ K., SZARVAS J., HAJDU CS., VIRAGH N., LUKACS N. (2008):
Immunological detection of dsRNSs in wild Agaricus species and in virus infected cultivated champignon, Proceedings of the Sixth International Conference on Mushroom Biology and Mushroom Products, pp: 148-154.
LODISH H., BALTIMORE D., BERK A., ZIPURSKY S.L., MATSUDAIRA P., DARNELL J.
(1995): Molecular Cell Biology, 3rd Edition, Scientific American Books, USA.
HAJÓSNÉ NOVÁK M. (1999): Genetikai variabilitás a növénynemesítésben, Mezőgazda Kiadó, Budapest.
HESZKY L. (2003): Genetika-Terminológia, Kézirat (2. bővített kiadás), Gödöllő.
SZARVAS J., NAGY Z., HAJDU CS., VILLAS G. (2005): Diagnosis of „La France Isometric Virus” (LIV) in the case of Agaricus bisporus, 1st Central European Forum for Microbiology, Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica, Volume 52, Akadémiai Kiadó.
WHATSON J.D., TOOZE J., KURTZ D.T. (1988): A rekombináns DNS, Mezőgazdasági Kiadó, Budapest, 1998.
JAKUCS E., VAJNA L. (2003): Mikológia, Agroinform Kiadó, Budapest.
JUHÁSZ P., DUX L. (2000): Klinikai laboratóriumi diagnosztika, Springer Tudományos Kiadó, Budapest.
HALASZ K., GEÖSEL A., BRAY M., SZARVAS J., HAJDU CS., LUKACS N. (2008):
Immundiagnostic method to detect viruses in Agaricus species, First Symposium on Horticulture in Europe (Vienna, Austria), Book of Abstract p: 74
KANDRA L. (1999): Biokémiai gyakorlatok, 3. kiadás, Kossuth Egyetemi Kiadó, Debrecen.
KAPPELMAYER J., MUSZBEK L. (2006): Laboratóriumi diagnosztikai gyakorlatok, (4.
javított kiadás), Debrecen.
KERRIGAN R.W., ROYER J.C, BALLER L.M., KOHLI Y., HORGEN P.A., ANDERSON J.B. (1993): Meiotic behavior and linkage relationships in the secondarily homothallic fungus Agaricus bisporus. Genetics 133: 225-236.
KEVEI F., KUCSERA J., VARGA J., VÁGVÖLGYI CS. (1999): Fejezetek a mikológiából, JATEPress, Szeged.
KHUSH R.S., BECKER E., WACH M. (1992): DNA Amplification Polymorphisms of the cultivated mushroom Agaricus bisporus. Appl. Env. Microbiol. 58: 2971-2977.
LOFTUS M.G., LODDER S.C., LEGG E.J. (1998): Mushroom caps with reduced scaling. U.S.
Patent Number 5, 832, 659.
MADIGAN M.T., MARTINKO J.M. (2006): Brock, Biology of Microorganisms, 11th Edition, Pearson Prentice Hall, USA.
MAY B., ROYSE D. (1982): Confirmation of crosses between lines of Agaricus brunnescens by isozyme analysis. Exp. Mycol. 6: 283-292.
OBTAKE Y., MURAKAMI S. (2003): Isolation and characterization of a sporeless mutant in Pleurotus eryngii, Mycoscience (2003) 44:33-40.
PARAN I., MICHELMORE R.W. (1993): Sequence characterized amplified regions: PCR-based genetic markers for higher organisms. Theor. Appl. Genet. 85: 9828-9832.
PECSENYE K. (2006): Populációgenetika, Pars Kft. Budapest.
WEAVER R.F., HEDRICK P. W. (2000): Genetika, Panem Könyvkiadó, Budapest.
SIPOS R., SZÉKELY A., BERTA B., SZARVAS J., BUJDOSÓ L., HAJDÚ CS. (2003):
Molekuláris eljárások a gombakomposzt baktérium-népességének vizsgálatában, Magyar Gombahíradó, MGOSZ Lapja, XI. évf. 39. szám, pp. 9-11.
SONNENBERG A.S., BAARS J.P., MIKOSCH T.S.P., SCHAAP P.J., VAN GRIENSVEN L.J.L.D. (1999): Abr1, a transposon like element in the genome of the cultivated mushroom Agaricus bisporus. Appl. Env. Microbiol. 65: 3347-3353.
SZABÓ I. M. (1998): A bioszféra mikrobiológiája IV., Akadémiai Kiadó, Budapest.
TAUTZ D. (1989): Hypervariability of simple sequences as a general source for polymorphic DNA. Nucleic Acids Res. 17: 6463-6471.
VAJNA LÁSZLÓ (1987): Növénypatogén gombák, Mezőgazdasági Kiadó, Budapest.
VARGA J. (2006): Evolúciótan, EKF Líceum Kiadó, Eger.
WILLIAMS J.A., KUBELILKI K., LIVAT K., RAFALSKI J., TINGEY S. (1991): DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Res. 22:
6351-6535.