Válasz Poppe László professzor bírálatára
Köszönöm értekezésem alapos tanulmányozását, az elismerő véleményt és az érdekes felvetéseket, amelyekre a következőkben kívánok válaszolni.
A dolgozat nem különíti el a témához kapcsolódó, és az egyéb közleményeimet. Ezért most mellékelem a 27 kapcsolódó és 35 egyéb közlemény elkülönített listáját.
Elfogadom, és sajnálom, hogy a 18. oldalon lévő képaláírás kényelmetlenséget okoz az olvasónak.
A 29 oldal táblázatában a 4. oszlopban lévő indukált dipólusok energiáját tekintettem referenciának, és a többi számítás eredményét ehhez viszonyítva vizsgáltam. Ez a táblázat fejlécében sajnos nem, és a szövegben is csak implicit módon szerepel.
Válasz az (1) kérdésre.
A többcentrumú multipólusok alkalmazásának előnyeit kisebb molekulák esetén vizsgáltam. Joggal merül fel az igény más típusú rendszerekre való alkalmazásnak. Különösen releváns a fémionok kezelésének kérdése, tekintettel arra, hogy molekula mechanikai erőterekkel való leírásuk problematikus (lásd pl. P. Li, K. M. Merz, Jr. J. Chem. Theor. Comput. 2014, 10, 289). A fémionok esetében fokozottan indokolt a ponttöltések helyett magasabb rangú multipólusok alkalmazása a nem gömbszimmetrikus töltéseloszlás és az irányfüggő kölcsönhatások reprodukálására. Ugyanakkor további kölcsönhatások, nevezetesen a töltésátmenet és a polarizáció is megnövekedett szerepet játszhat. Mindezek következtében úgy vélem, hogy multipólus származtatási módszerünk előnyösen alkalmazható fémionok nemkötő modelljében, ugyanakkor önmagában nem, hanem a fent említett kölcsönhatásokat is figyelembe vevő erőtérben lehet alkalmas különböző fémionok tulajdonságainak általános leírásához.
Válasz a (2) kérdésre
Az általunk javasolt módszer újdonsága, hogy kovalensen kötött QM és MM alrendszerek ab initio szintű kezelésére alkalmas olyan módon, hogy a határon rögzített lokalizált pályát használ. Ennek a határnak a térbeli mozgatása úgy, hogy közben az energia felület sima maradjon, nem látszik
egyszerű feladatnak. Tudomásom szerint a „link atom” módszernél sincsen erre kidolgozott eljárás. A határ térbeli mozgatásánál könnyebben járható útnak látszik a határon töltés áthaladás kezelése, például a „link atom” eljáráshoz hasonlóan (Y. Zhang, H. Lin Theor Chem Acc 2010, 126, 315), ahol a
QM rész egy oxidált és redukált forma keveréke, és az MM rész pedig a kötésre helyezett töltésekkel kompenzálja a változást. Meg kívánom jegyezni azt is, hogy módszerünk fejlesztésénél elsődleges szempont olyan biokémiai problémák, például enzim reakciók, vizsgálata, amelyeknél a rendszer felosztható egy, a fehérje nagy részét tartalmazó MM-mel kezelt alrendszerre, valamint a fehérje egyes oldalláncait és kismolekulákat tartalmazó QM alrendszerre. Ilyeneknél, a fehérje tekintetében, a QM és MM alrendszerek rögzített elválasztása általában megfelelő. Ugyanakkor az MM rész molekuladinamikai szimulációja esetén megjelenhetnek olyan dinamikus vízmolekulák, amely be- és kiúsznak a QM alrendszerből. Az ilyenek kezelésére kidolgozott adaptív eljárások (S. O. Nielsen, R. E.
Bulo, P. B. Moore, B. Ensing Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 12401) és új módszerünk együttes alkalmazásának nem látom nehézségét.
Válasz a (3) kérdésre
a) A komplexek kiválasztásánál szempont volt, hogy a gyógyszerkutatásban előforduló vegyületekhez hasonlókat vizsgáljunk, ezért szabtunk felső határt a ligandum nehézatomok számára. Ez a határ 50 nehézatom, amely a Lipinski szabályokban szereplő 500 Daltonos felső határt némileg meghaladó vegyületeket is megenged. Bíráló kérdésére válaszolandó kiszámítottam a Lipinski szabályoknak való megfelelést a vizsgálatban szereplő vegyületekre.
Eszerint azok 81%-a megfelel a szabálynak, vagyis egynél nem több paramétere nagyobb a szabályban szereplő korlátoknál. Mindez megerősíti, hogy a vizsgált vegyületek fehérjekötődésére talált szabályszerűségek relevánsak a gyógyszerkutatásban tipikusan megjelenő vegyületekre.
b) A vizsgált fehérjék típusának befolyása a kötődési termodinamikára és így a tárgyalt összefüggések gyógyszerkutatás szempontjából releváns volta Mátyus Péter professzor 2.
kérdésében is megfogalmazódik. Így alább részben megismétlem az arra adott választ. Előtte meg kívánom jegyezni, hogy a vizsgált komplexek három, kötődési termodinamikai adatokat tartalmazó, adatbázisból származnak: BindingDB, PDBcal és Scorpio. Sajnos nem magától értetődő megállapítani, hogy a bennük előforduló fehérjék milyen mértékben validált gyógyszer célpontok. Megvizsgálva a közel 100 különböző fehérjét, azoknak körülbelül felét tudom tapasztalatom alapján gyógyszercélpontként felismerni. Ezek között szerepelnek vírus fehérjék is, mint például a HIV-1 proteáz, vagy a humán enzimet vizsgálatokban helyettesítő marha szénsav-anhidráz.
Az adatok, amelyeket elemeztünk, döntő részben izotermális titráló kalorimetriás mérésekből származnak, így oldható fehérjékre vonatkoznak. Hangsúlyozni kívánom, hogy ez a korlát technikai jellegű, amely a mérés sajátságaiból fakad. Ugyanakkor a feltárt összefüggéseket racionalizáló megfontolások az összefüggések széles körben való érvényességét valószínűsítik. Így a kötődési entalpia domináns volta kisméretű ligandumoknál, majd a méret növekedtével a deszolvatációból származó entrópikus tag előtérbe kerülése összhangban van egyrészt Hann és munkatársai komplexitás modelljével (M. M. Hann, A. R. Leach, G. Harper J.
Chem. Inf. Comput. Sci. 2001, 41, 856), másrészt a poláris kölcsönhatások és a deszolvatáció méretfüggő szerepével (G. G. Ferenczy, G. M. Keserű J. Chem. Inf. Model. 2012, 52, 1039). A komplexitás modell szerint, molekulák kedvező illeszkedésének optimuma van a kölcsönható csoportok számának függvényében. Ez korlátot jelent az ilyen kölcsönhatások számára. Ezzel
összhangban, a molekulaméret növekedésével a poláris kölcsönhatásokból származó entalpia és a deszolvatációból származó entrópia hozzájárulások közül az utóbbi kerül túlsúlyba, mivel az ebből elérhető nyereség – legalább is ebben a tartományban – a molekulamérettel monoton nő. Meg kívánom még említeni azt az észrevételt, hogy a ligandum méretével a maximális affinitás (kötődési szabadentalpia) nagyon hasonlóan változik az általunk vizsgált, döntően enzim komplexekre, valamint az általános, vagyis a fehérjére való megkötés nélküli komplexekre (lásd a disszertáció 24. ábráját). Mindezek arra utalnak, hogy a kötődési termodinamika ligandum méret függésével kapcsolatos megfontolások a fehérjék széles körére érvényesek. Ugyanakkor egyes fehérjetípusoknál az adott típusra jellemző sajátságok megjelenhetnek a kötődés termodinamikai profiljában. Ezzel kapcsolatban meg kívánom említeni, hogy a döntően entalpia nyereséggel kötődő fragmensek esetében a néhány entalpia növekedéssel létrejövő komplexben a ligandumok fémionokhoz kötődnek (J. Chem.
Inf. Model. 2012, 52, 1039). Egy másik, a gyógyszerkutatás szempontjából lényeges észrevétel, hogy egy adott GPCR-nél az agonisták és az antagonsiták gyakran jól elkülöníthető termodinamikai profillal kötődnek. Ennek magyarázata, hogy a ligandum kötődése a fehérje eltérő szerkezeti változásával jár együtt agonisták, illetve antagonsiták esetén, aminek termodinamikai következménye megjelenik a mért entalpia és entrópia változásokban.
Összefoglalva azt mondhatjuk, hogy kedvező tulajdonságú gyógyszerjelölt molekulák azonosításának általános elve az optimális poláris kölcsönhatások biztosította maximális entalpia nyereséggel járó kötődés megvalósítása. Az elv alkalmazásánál figyelembe kell venni egyrészt a kötődési entalpia ligandumméret függését, másrészt az egyes fehérje típusok jellemzőit.
c) Megvizsgáltam a hasonló nehézatom számhoz tartozó jelentős kötődési entalpia különbségek okát. Mindezek onnan származnak, hogy egyes nehézatom számnál egy, vagy néhány komplexre van adatunk, és az esetenként nagyszámú pont néhány komplex különböző körülmények között mért adata. Ezek kétségtelenül torzítják az adatokból származó információt, amely torzítás csökkentésére a következőképpen jártunk el például a maximális kötődési entalpia (pKHmax) nehézatom szám függésének vizsgálatakor. A nehézatom skálát 5 egységnyi hosszú intervallumokra osztottuk, és az egyes intervallumokhoz tartozó pKH értékek 90. percentilisét tekintettük az adott intervallumhoz tartozó maximális értéknek. Mind az intervallumokra osztás, mind a 90. percentilis használata a zajos adatokból generált függvény simítását szolgálja. A vizsgálatok üzenete az így kapott függvények mutatta tendenciák, nevezetesen a kötődési entalpia és szabadentalpia ellenkező irányú változása a ligandum mérettel.
Az alábbiakban – Bírálom kérésének megfelelően – ábrázolom a nehézatom szám függvényében a kötődés termodinamikai mennyiségeit. Ezek megegyeznek a disszertáció 27. ábrájával, kivéve, hogy a nehézatom szám skála ki lett terjesztve. Ezzel kapcsolatban meg kívánom jegyezni, hogy az ábrán a nehézatom szám intervallum alsó határa jelenik meg, így például az 50-es érték az 50- 54 nehézatom szám tartományhoz tartozik. Az újonnan ábrázolt pontok megfelelnek a korábbiak alapján várt tendenciának. Ezek jelentik egyúttal a vizsgált tartomány felső határát; az ennél nagyobb ligandumok, amelyekre termodinamikai adatok elérhetők, mind polipeptidek.
Végezetül ismételten köszönöm munkám körültekintő tanulmányozását és támogató értékelését, valamint a felvetett inspiráló kérdéseket!
Budapest, 2014. szeptember 11.
Ferenczy György
A Doktori dolgozat témájához közvetlenül kapcsolódó közleményeim Melléklet Poppe László professzor bírálatára adott válaszhoz
1. G.G. Ferenczy, Charges derived from distributed multipole series J. Comput. Chem.
12, 913 (1991).
2. G.G. Ferenczy, J.-L. Rivail, P.R. Surján, G. Náray-Szabó, NDDO fragment self- consistent field approximation for large electronic systems J. Comput. Chem. 13, 830 (1992).
3. C. Chipot, J.G. Ángyán, G.G. Ferenczy, H.A. Scheraga, Transferable net atomic charges from a distributed multipole analysis for the description of electrostatic properties. A case study of saturated hydrocarbons J. Phys. Chem. 97, 6628 (1993).
4. V. Théry, D. Rinaldi, J.-L. Rivail, B. Maigret, G.G. Ferenczy, Quantum mechanical computations on very large molecular systems: the local self-consistent field method J. Comput. Chem. 15, 269 (1994).
5. G.G. Ferenczy, Approximate energy-evaluating schemes for a system of weakly overlapping group functions Int. J. Quant. Chem. 53, 485 (1995).
6. G. Náray-Szabó, G.G. Ferenczy, Molecular electrostatics Chem. Rev. 95, 829 (1995).
7. G.G. Ferenczy, The self-consistent nonorthogonal group function approach in reduced basis frozen core calculations Int. J. Quant. Chem.: Quant. Chem. Symp. 57, 361 (1996).
8. P.J. Winn, G.G. Ferenczy, C.A. Reynolds, Towards improved force fields. 1.
Multipole derived atomic charges J. Phys. Chem. A 101, 5437 (1997).
9. G.G. Ferenczy, P.J. Winn, C.A. Reynolds, Effective distributed multipoles for the quantitative description of electrostatics and polarisation in intermolecular interactions Abstr. Pap. Am. Chem. Soc. 214, 38, (1997).
10. G.G. Ferenczy, P.J. Winn, C.A. Reynolds, Towards improved force fields. 2. Effective distributed multipoles J. Phys. Chem. A 101, 5446 (1997).
11. G. G. Ferenczy, C. A. Reynolds, P. J. Winn, A. J. Stone, Mulfit program; GDMA programmal együtt terjesztve: http://www-
stone.ch.cam.ac.uk/programs/gdma.html.
12. J.H. Wu, P.J. Winn, G.G. Ferenczy and C.A. Reynolds, Solute polarisation and the design of cobalt complexes as redox active therapeutic agents Int. J. Quant. Chem.
Biophys. Quarterly 73, 229 (1999).
13. P.J. Winn, G.G. Ferenczy, C.A. Reynolds, Towards improved force fields: III.
polarisation through modified atomic charges J. Comput. Chem. 20, 704 (1999).
14. S.R. Gooding, P.J. Winn, R.I. Maurer, G.G. Ferenczy, J.R. Miller, J.E. Harris, D.V.
Griffiths, C.A. Reynolds, A hybrid theoretical study of an unusual iodine-oxygen interaction J. Comput. Chem. 21, 478 (2000).
15. G.G. Ferenczy, C.A. Reynolds, Modeling Polarization through Induced Atomic Charges J. Phys. Chem. A 105, 11470 (2001).
16. C.J.R. Illingworth, S.R. Gooding, P.J. Winn, G.A. Jones, G.G. Ferenczy, C.A.
Reynolds, Classical Polarization in Hybrid QM/MM Methods J. Phys. Chem. A 110, 6487 (2006).
17. C.J.R. Illingworth, K.E.B. Parkes, C.R. Snell, G.G. Ferenczy, C.A. Reynolds, Toward a Consistent Treatment of Polarization in Model QM/MM Calculations J. Phys. Chem.
A 112, 12151 (2008).
18. C.J.R. Illingworth, P.J. Winn, G.G. Ferenczy, C.A. Reynolds, Progress in Modelling Electrostatics and Polarization through Effective Multipoles and Induced Charges Studia Universitatis Babes-Bolyai Chemia 53, 21 (2008).
19. K. Kánai, P. Arányi, Z. Böcskei, G. Ferenczy, V. Harmat, K. Simon, S. Bátori, G.
Náray-Szabó, I. Hermecz, Prolyl Oligopeptidase Inhibition by N-Acyl-pro- pyrrolidine-type Molecules J. Med. Chem. 51, 7514 (2008).
20. G.G. Ferenczy, W.H. Adams, Optimization of selected molecular orbitals in group basis sets J. Chem. Phys. 130, 134108 (2009).
21. G.G. Ferenczy, G.M. Keserű, Enthalpic Efficiency of Ligand Binding J. Chem. Inf.
Model. 50, 1536 (2010).
22. G.G. Ferenczy, G.M. Keserű, Thermodynamics guided lead discovery and optimization Drug. Discov. Today 15, 919 (2010).
23. G.G. Ferenczy, G.M. Keserű, Thermodynamics of ligand recognition in Physico- chemical and Computational Approaches to Drug Discovery, F. J. Luque, X. Barril, Eds. RSC Drug Discovery Series, pp. 23-79, Royal Society of Chemistry 2012.
24. G.G. Ferenczy, G.M. Keserű, Thermodynamics of fragment binding J. Chem. Inf.
Model. 52, 1039-1045 (2012).
25. G.G. Ferenczy, Calculation of Wave-Functions with Frozen Orbitals in Mixed Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Methods. Part I. Application of the Huzinaga Equation J. Comput. Chem. 34, 854-861 (2013).
26. G.G. Ferenczy, Calculation of Wave-Functions with Frozen Orbitals in Mixed
Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Methods. Part II. Application of the Local Basis Equation J. Comput. Chem. 34, 862-869 (2013).
27. G. G. Ferenczy , G. M. Keserű, How Are Fragments Optimized? A Retrospective Analysis of 145 Fragment Optimizations J. Med. Chem. 56, 2478−2486 (2013).
A Doktori dolgozat témájához közvetlenül nem kapcsolódó közleményeim
1. G. Ferenczy, L. Harsányi, B. Rozsondai, I. Hargittai, The molecular structure of uracil: an electron diffraction study J. Mol. Struct 140, 71 (1986).
2. L. Harsányi, E. Vajda, G. Ferenczy, B. Rozsondai, P. Császár, A. Császár,
Determination of the molecular structure of maleine imide and uracil by gas phase electron diffraction experiments, and by semiempirical and ab initio quantum chemical calculations Kémiai Közlemények 66, 277 (1986).
3. Z. Szalóczy, G. Ferenczy, G. Náray-Szabó, Szigma kötésű Se, Br, Te vagy I atomokat tartalmazó molekulák elektrosztatikus potenciáljának számitása Magyar Kémiai Folyóirat 94, 371 (1988).
4. J.G. Ángyán, G. Ferenczy, P. Nagy, G. Náray-Szabó, Calculation of electrostatic potentials and fields inside zeolite cavities Collection of Czechoslovak Chemical Communications 53, 2308 (1988).
5. G.G. Ferenczy, G.M. Morris, The active site of cytochrome P-450 nifedipine oxidase:
a model-building study J. Mol. Graphics 7, 206 (1989).
6. M. Allavena, K. Seiti, E. Kassab, G. Ferenczy, J.G. Ángyán, Quantum-chemical model calculations on the acidic site of zeolites including Madelung-potential effects Chem. Phys. Lett. 168, 461 (1990).
7. G.G. Ferenczy, C.A. Reynolds, W.G. Richards, Semiempirical AM1 electrostatic potentials and AM1 electrostatic potential derived charges: a comparison with ab initio values J. Comput. Chem. 11, 159 (1990).
8. G.G. Ferenczy, J.G. Ángyán, Calculations on electrostatic properties of HY zeolite J.
Chem. Soc. Faraday Trans. 86, 3461 (1990).
9. G.G. Ferenczy, J.G. Ángyán, T. Koritsánszky, J. Nagy, G. Náray-Szabó, Protein electrostatics on personal computer J. Mol. Struct. (Theochem) 256, 113 (1992).
10. G. Náray-Szabó, G.G. Ferenczy, Molecular wavefunctions from chemical bonds: the fragment self-consistent field theory J. Mol. Struct. (Theochem) 261, 55 (1992).
11. C.A. Reynolds, G.G. Ferenczy, W.G. Richards, Methods for determining the reliability, of semiempirical electrostatic potentials and potential derived charges J.
Mol. Struct. (Theochem) 256, 249 (1992).
12. G. Domány, A. Gere, M. Paróczai, C. Szántay, Jr., G.G. Ferenczy, I. Schőn, B. Kiss, and E. Kárpáti, Inhibitors of lipid peroxidation among new pyrimido[1’,6’:1,2]pyrido- [3,4-b]indoles Pharmazie 49, 807 (1994).
13. I. Magdó, G.G. Ferenczy, and Z. Bencz, Prediction of carcinogenicity from molecular structrure; modification and reinvestigation of the method Cancer Letters 81, 201 (1994).
14. G. Náray-Szabó, G. Tóth, G.G. Ferenczy, G. Csonka, The neglect of diatomic
differential overlap (NDDO) fragment self-consistent field method for the treatment of very large covalent systems Int. J. Quant. Chem.: Quant. Biol. Symp. 21, 227 (1994).
15. G. Balogh, É. Csizér, G.G. Ferenczy, Z. Halmos, B. Herényi, P. Horváth, A. Laukó, S.
Görög, Estimation of impurity profiles of drugs and related materials. 12. Isolation and identification of an isomeric impurity in danazol Pharm. Res. 12, 295 (1995).
16. A. Tóth, I. Bertóti, G. Marletta, G.G. Ferenczy, M. Mohai, Ion beam induced chemical effects in organosilicon polymers Nucl. Instr. and Meth. in Phys. Res. B 116, 299 (1996).
17. T. Gizur, G.G. Ferenczy, É. Ágai-Csongor, G. Domány, Antioxidant Building Blocks I. The Unexpected C-Acetylation of 2,6-Di-tert-butylphenol with Isopropenyl Acetate Collect. Czech. Chem. Commun. 61, 1244 (1996).
18. G.G. Ferenczy, A. Tóth, I. Bertóti, S. Suhai, Valence electronic structure of selected polyorganosiloxanes; x-ray photoelectron spectroscopy and quantum chemical studies J. Phys.: Condens. Matter 9, 4781 (1997).
19. G. Tóth, G. Náray-Szabó, G.G. Ferenczy, G. Csonka, Monte Carlo simulation of amorphous systems with the fragment self-consistent field method J. Mol. Struct.
(Theochem) 398-399, 129 (1997).
20. G.G. Ferenczy, G.I. Csonka, G. Náray-Szabó, J.G. Ángyán, Quantum
mechanical/molecular mechanical self-consistent madelung potential method for treatment of polar molecular crystals J. Comput. Chem. 19, 38 (1998).
21. G.G. Ferenczy, A szerkezet-alapú gyógyszertervezés módszerei Acta Pharm. Hung.
68, 21 (1998).
22. G. Domány, T. Gizur, A. Gere, K. Takács-Novák, G. Farsang, G.G. Ferenczy, G.
Tárkányi, M. Demeter Imidazol[1,2-c]quinazolines with lipid peroxidation inhibitory effect Eur. J. Med. Chem. 33, 181 (1998).
23. K. Kádas, G.G. Ferenczy S. Kugler, Theory of dopant pairs in four-fold coordinated amorphous semiconductors J. Non-Cryst. Solids 227-230, 367 (1998).
24. I. Laszlovszky, G. Domány, T. Ács, G. Ferenczy, C. Szántay, Jr., E. Thuroczyné Kálmán, et al. Preparation of 2-methoxyphenylpiperazine derivatives as
antipsychotics. WO 9818797 A1.
25. K. Kádas, G.G. Ferenczy, Electronic structure of doped four-fold coordinated amorphous semiconductors. Midgap states in amorphous carbon. J. Mol. Struct.
(Theochem) 463, 175 (1999).
26. G.G. Ferenczy, G. Náray-Szabó, P. Várnai, Quantum mechanical study of the hydride shift step in the xylose isomerase catalytic reaction with the fragment self-consistent field method Int. J. Quant. Chem. 75, 215 (1999).
27. É. Csikós, G.G. Ferenczy, J.G. Ángyán, Z. Böcskei, K. Simon, C. Gönczi, I. Hermecz, Colour polymorphism of a bis-quinoxaline compound Eur. J. Org. Chem. 2119
(1999).
28. G.G. Ferenczy, J.G. Ángyán, L. Párkányi, Crystal- and electronic structure of two polymorphic modifications of famotidine. An experimental and theoretical study. J.
Mol. Struct. (Theochem) 503, 73 (2000).
29. G.G. Ferenczy and J.G. Ángyán, Intra- and Intermolecular Interactions in Crystals of Polar Molecules. A Study by the Mixed Quantum Mechanical/Molecular Mechanical SCMP-NDDO Method J. Comput. Chem. 23, 1679 (2001).
30. A. Pappné Behr, Z. Kapui, P. Arányi, S. Bátori, V. Bartáné Bodor, L.T. nagy, M.
Varga, G. Ferenczy, E. Mikus, K. Urbán-Szabó, J. Vargáné Szeredi, T. Szabó, E.
Walcz, E. Susán, Amino-alkyl-amide derivatives as CCR3 receptor ligands WO 2007034251.
31. A. Pappné Behr, Z. Kapui, P. Arányi, S. Bátori, V. Bartáné Bodor, L.T. Nagy, M.
Varga, G. Ferenczy, E. Mikus, K. Urbán-Szabó, J. Vargáné Szeredi, T. Szabó, E.
Walcz, E. Susán, Amino-alkyl-amide derivatives as CCR3 receptor ligands WO 2007034252.
32. G.G. Ferenczy, Application of Molecular Modeling in Analogue-Based Drug
Discovery in Analogue-Based Drug Discovery II. J. Fischer, C.R. Ganellin, Eds. pp.
61–82, Wiley 2010.
33. Ferenczy György In silico módszerek alkalmazása a felfedező kutatásban Magyar Kémikusok Lapja 65, 273-274 (2010).
34.
a. G.G. Ferenczy, Diverzitás és szelektivitás A gyógyszerkutatás kémiája c.
könyvben; szerk G.M. Keserű, pp. 57-60, Akadémiai kiadó 2011.
b. G.G. Ferenczy, Modellek a gyógyszerkutatásban: in vivo, in vitro, in silico A gyógyszerkutatás kémiája c. könyvben; szerk G.M. Keserű, pp. 60-62, Akadémiai kiadó 2011.
c. G.G. Ferenczy, In silico módszerek a vezérmolekula optimálásban A gyógyszerkutatás kémiája c. könyvben; szerk G.M. Keserű, pp. 564-593, Akadémiai kiadó 2011.
d. G.G. Ferenczy, A vezérmolekula-optimálás in silico módszereinek értékelése A gyógyszerkutatás kémiája c. könyvben; szerk G.M. Keserű, pp. 607-609, Akadémiai kiadó 2011.
35. I. Bata, P. Buzder-Lantos, A. Vasas, V. Bartáné Bodor, G. Ferenczy, S. Bátori, Z.
Tömösközi, G. Szeleczky, M. Smrcina, M. Patek, A. Weichsel, D. S. Thorpe Cycloalkane carboxylic acid derivatives as CXCR3 receptor antagonists. WO 2013084013 A1.
